PyMOL自動幫所有的state上色

在PyMOL裡面遇到multi-state的物件，可以用spectrum_states這個指令自動上色：

做成上圖的指令如下：

1. run spectrum_states.py
2. load http://molmovdb.org/uploads/284066-6299/movie.pdb.gz
3. split_states movie
4. for x in cmd.get_names(): cmd.cealign("movie_0001///366-431/", x+"///366-431/")
5. join_states mv, movie_*
6. spectrum_states mv, ribbon
7. set all_states
8. ray

上述指令的意思是：

1. 使用spectrum_states這個指令。請到這裡下載
2. 下載一個multiple-state的物件
3. 將這個物件的state分開成為獨立的物件
4. 將上述獨立的物件對齊，使用residue 366-431的部分來對其
5. 合併這些獨立的物件，做成一個叫做mv的multiple-state物件
6. 自動將每個不同的state上色，有許多種上色方式如下所示：
• spectrum_states mv, ribbon
• spectrum_states mv, ribbon, gray20 orange red
• spectrum_states mv, ribbon, blue gray20 red
7. 顯示所有的states
8. 畫圖

參考資料

• PyMOL wiki的《Spectrum states》
• PyMOL分開與合併不同的states
• PyMOL用CE來對齊結構

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