AMBER 16用GPU加速分子模擬

AMBER是一套分子模擬的系統，購買的金額隨著身份不同：

• 學術/非營利/政府單位：$500美金
• 營利事業：$20,000美金買，若是從AMBER 14升上來則是$15,000美金

網頁《AMBER 16 GPU ACCELERATION SUPPORT》專門介紹用GPU加速的成果

Mac上安裝ACPYPE

在Macintosh上面安裝ACPYPE（發音是ace + pipe）只要一行指令：

• svn checkout http://ccpn.svn.sourceforge.net/svnroot/ccpn/branches/stable/ccpn/python/acpype acpype

下載完會出現“Checked out revision 10168.”，代表目前的版本是10168
這個軟體的相關訊息參考這裡與CCPN上面的介紹

_EOF_

AMBER上對組氨酸histidine的命名

一般來說，PDB格式對於組氨酸的名稱為HIS，但在AMBER上，會根據組氨酸（histidine）的質子化狀態（protonation state）不同而有三種不同的名稱：

1. HID：Histidine with hydrogen on the delta nitrogen
   組氨酸其delta nitrogen上面有hydrogen
2. HIE：Histidine with hydrogen on the epsilon nitrogen
   組氨酸其epsilon nitrogen上面有hydrogen
3. HIP：Histidine with hydrogens on both nitrogens; this is positively charged
   組氨酸其delta與epsilon nitrogens上面有hydrogens，讓組氨酸帶正電

參考《AMBER Histidine residues》與此網頁看delta與epsilon nitrogen的位置

• 質子化（protonation）加入質子（protein）也就是hydrogen cation到分子上
• 去質子化（deprotonation）則是從分子上移除hydrogen cation

_EOF_

Mac上安裝AmberTools16

在蘋果電腦上面安裝AmberTools16，首先要到AMBER的網頁上面填寫資料，下載程式AmberTools16.tar.bz2後，用下面的步驟將AmberTools16安裝到/pkg/amber16/下面：

1. sudo port install gcc49 mpich-gcc49
2. sudo port install netcdf-fortran +gcc49
3. sudo port install mpich-gcc49
4. sudo port select --set gcc mp-gcc49
5. sudo port select --set mpi mpich-gcc49-fortran
6. sudo port install python35 py35-numpy py35-scipy py35-matplotlib py35-tkinter
7. sudo port select --set python python35
8. cd /pkg && tar jxf AmberTools16.tar.bz2 
9. cd /pkg/amber16 && export AMBERHOME=/pkg/amber16
10. ./configure -macAccelerate gnu
11. test -f /pkg/amber16/amber.sh && source /pkg/amber16/amber.sh
12. make -j 4
13. make test
14. make install