Sublime Text強調游標所在的行

Sublime Text 3要強調游標所在的行，在Mac上的設定方式如下：

1.  > Sublime Text > Preferences > Settings,
2. 找到 Preferences.sublime-setting – User
3. 加入 "highlight_line": true,  注意要有逗點，設定檔如下

安裝bioSyntax到Sublime Text 3上

bioSyntax是一套幫生物文本資料上色的外掛套件，這邊介紹如何在Windows 10下幫Sublime Text 3這個文字編輯器安裝bioSyntax套件：

1. 安裝Package Control到Sublime
2. 開啟Sublime Text 3 並依照下面步驟依序執行
• 工具列上面選 Preferences > Package Control
• 選擇 Package Control: Install Package （看下圖、點圖放大）
• 搜尋 bioSyntax，點選後會自動安裝
3. 設定讓Windows 10預設用Sublime Text開啟fasta, fastq, bed, gtf, vcf, sam等檔案

安裝Package Control到Sublime

在Sublime上面安裝套件，除了比較麻煩得用手動抓套件下來安裝以外，還可以先安裝套件管理Package Control。安裝步驟如下：

1. 打開Sublime
2. 工具列點選 View > Console （見下圖）
3. 到Package Control上面複製程式碼
4. 把程式碼貼到console的提示符號區，按下Enter

bioSyntax: 為生物文本上色的plugin

bioSyntax:提供文字編輯器的plugin，幫助生物文本上色，可支援的文本：

• .fasta：一般的核酸或是蛋白質序列
• .fastq：Fasta + Phred score檔案，看序列內容與品質
• .clustal：Multiple Sequence Alignment (MSA)
• .bed：基因體範圍規範檔
• .gtf：基因體註解檔案
• .pdb：蛋白質三級結構
• .vcf：Variant Caller Format，標註基因體上面的變異
• .sam：Sequence Alignment Map (SAM) 次世代定序檔

上面是sublime, vim, gedit, less等文字編輯器可看到～

vi與vim移除空白行

在vim上面刪除空白行有幾種狀況：

• g/^$/d：空行
• g/^\s*$/d：有空格的空行
• g/^[ |\t]*$/d：有tab與空格的空行

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Mac上用Homebrew安裝R語言

在Mac上面安裝R語言，可以使用Homebrew這個軟體管理程式來直接安裝。指令如下（不需要使用到系統管理者權限）：

1. brew info R
2. brew install R

第一個指令是看安裝的R版本、第二個指令就是直接安裝，做完就裝好了～

Rico's cheatsheets 軟體與程式語言的小抄

放在DevHints.io上面Rico's cheatsheets包含了下面幾個小抄：

• Bash scripting：Bash文本的小抄
• Enzyme：Enzyme是一套JavaScript測試工具，請參考相關說明
• es6：關於JavaScript在ES2015, ES2016, ES2017, ES2018上面的特性
• Go：Go語言
• React：react是一套JavaScript用來建立使用者介面的函式庫
• SASS：一套統計軟體
• Vim：一套經典的文字編輯軟體
• Xpath：XPath即為XML路徑語言（XML Path Language）

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Vim使用的設定檔vimrc的位置

安裝好vim以後，其設定檔叫做vimrc。要知道這個設定檔位置，執行：

• vim --version

   system vimrc file: "$VIM/vimrc"
     user vimrc file: "$HOME/.vimrc"
 2nd user vimrc file: "~/.vim/vimrc"
      user exrc file: "$HOME/.exrc"
       defaults file: "$VIMRNTIME/defaults.vim"

這邊就可以看到預設的檔案叫defaults.vim，代表在前面的檔案都沒有時後，才會吃這個檔。所以就慢慢找這些檔案，確認哪個是真的在使用的。以上的做法也可以在開啟vim以後，連按兩下Esc然後輸入：

• :version

以上文件參考《How to locate the vimrc file used by vim editor?》

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Vim註解太暗的問題

在使用vim的時候，如果終端機背景顏色是黑色，那麼預設的註解會因為是深藍色太暗看不清楚。解決方案是調整配色：

• :color desert   <= 這個配色可以看設定檔
• :color industry <= 這個配色適合寫程式

或是把color desert放在設定檔案vimrc裡面也可以。以上解法參考《Better colors so comments aren't dark blue in Vim?》。至於可以用的配色，使用下面的指令去看：

• ls /usr/share/vim/vim*/colors

另一種方式則是使用光棒突顯所在的那行，參考《讓Vim用光棒顯示游標所在的那一行》

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Vi顯示tab與跳行字元

使用 vi 或 vim 編輯程式碼的時候，空白、tab、跳行字元在螢幕上面都是顯示空白。為了要讓程式碼更容易閱讀，參考軟體工匠 R 的筆記中《讓 vim 顯示 tab 和行末的空白字元》一文，直接設定：

• set listchars=eol:↵,tab:»·,trail:╳,extends:»,precedes:«
• set list

若要關閉這個功能，則是輸入

• set nolist

上述參考文獻裡面還有讓空白用顏色等等表現方式

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讓指令輸出的內容直接用vim打開

Vim可以直接編輯文字檔案，若文字內容是由指令產生（例如說列出根目錄下所有的資料夾 ls -al /）卻想要用Vim來看可以這樣做：

• ls -al / | vim -

若已經開啟Vim，希望把指令的文字內容導入，只要這樣做：

• :r !ls -al /

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讓Vim用光棒顯示游標所在的那一行

用vim編輯文件的時候，有時候會不知道游標所在的那一行。這時候可以使用光棒，反白所在的那一行。設定只要修改 ~/.vimrc 這個檔案，加入下面三行即可

set background=dark
set cursorline
highlight CursorLine cterm=none ctermbg=LightGray

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設定gvim的預設字型與視窗大小

Vim的圖形化視窗介面程式叫gvim。若要設定一開始啟動的時視窗的大小與預設字型，只要修改 ~/.gvimrc 這個檔案，加入下面三行：

• set guifont=monospace\ 16
• set columns=80
• set lines=36
• colorscheme torte

Vim分割視窗

使用Vim編輯程式碼的時候，有時需要上下參閱前後文，這時候可以分割視窗。使用方法是在一般模式下同時按Ctrl與w，然後按s或v：

• Ctrl-w + s：分割成上下兩個視窗
• Ctrl-w + v：分割成左右兩個視窗（分割線是vertical）

第一行是將視窗分割成上下兩個；第二行則是將視窗分割成左右兩個
在每個分割視窗內轉換則是在一般模式下：

Vim刪除一段內容

使用Vim編輯文字檔案時，若想要某個段落的內容，可以在一般模式下輸入：

• 19dd

上述的指令會刪除從游標開始算共19行的內容

另外一種在一般模式下的方式則是依序執行：

1. 移動游標到欲刪除區塊的第一行
2. 依序按下 m 與 a，意思是游標出現的那一行做個編號叫做"a"（mark "a"）
3. 移動游標到欲刪除區塊的最後一行
4. 依序按下 d 與 ' 與 a，意思是刪除從mark "a"到此行的內容

第三種方式則是使用Ex模式：

• :24,39d

第一行是刪除24到39行的內容
以上內容參考《vim - How to delete a large block of text without counting the lines?》

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Vim貼上的時候不要自動縮排

用Vim寫程式有個很貼心的功能，就是在換行的時候Vim會根據code內容自動縮排。但當要用GUI畫面複製貼上程式碼的時候，這種貼心反而會造成排版麻煩。使用下面的ex命令（不清楚ex命令請參考《開始使用vi或vim》）可以一次性關閉自動縮排：

1. :r! cat  然後按Enter
2. 這個時候貼上程式碼 然後再按一次Enter
3. 按 CTRL+D

這樣在貼上程式碼的時候就不會自動縮排搞亂排版了～

開始使用vi與vim

使用UNIX-like系統，一定會用指令列；使用指令列，一定會需要編輯文字。vi（visual editor）就是最常被使用的一種文字編輯器，vim（vi improved）則是vi的改良版。下面的指令意思是使用vim編輯一個叫做parody的文件：

• vim parody

微軟 R Tools for Visual Studio 的安裝

R語言主要用於統計分析、資料繪圖與資料探勘。過往要使用R語言，通常在UNIX-like的環境下比較方便。後來有一些整合式開發環境IDE，像是RStudio、vimR等等。現在除了這些IDE以外，微軟自己開發軟體的Visual Studio，現在加入了R Tools的套件(在安裝的時候也發現有Python Tools)。

在Windows裡面使用R語言，可以使用微軟開發目前是免費的整合式開發環境Visual Studio。

安裝的方式參考 R Tools for Visual Studio，依照下面三個步驟安裝：

1. 下載與安裝 Visual Studio
2. 下載與安裝 R Tools for Visual Studio
3. 下載與安裝 R，或是Microsoft R Open