GROMACS 2018

GROMACS 2018在2018年1月10日釋出，用來取代GROMACS 2016。Release Notes裡面提到在效能上重要的更新有：

• PME long-ranged interactions can now run on a single GPU, which means many fewer CPU cores are needed for good performance.
• Optimized SIMD support for recent CPU architectures: AMD Zen, Intel Skylake-X and Skylake Xeon-SP.

也就是為了GPU與CPU加速都有所更新。另外還有一些新的功能：

• AWH（Accelerated Weight Histogram），在計算自由能的時候可以克服free energy barriers的方法
• Add a new dual-list dynamic-pruning algorithm for the short-ranged interactions
• Add a physical validation suite：在安裝的時候可以測試有沒有問題，注意這東西可能要跑幾個小時
• Include all Berendsen and Parrinello-Rahman schemes

移除的功能如下：

• Removed hybrid GPU+CPU nonbonded mode
• QM/MM: removed optimization and transition-state search
• Updated application clock handling on Pascal+ GPUs
• Removed continuation from gmx convert-tpr：續跑不再用gmx convert-tpr來做，而是直接用checkpointing來做

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