2017年11月30日 星期四

2017年11月29日 星期三

朝陽科大dywang的Linux/Unix程式設計

朝陽科技大學資訊工程系的教師王德譽(De-Yu Wang)的 Linux/Unix程式設計課程網頁,內容包含了:
  • vi 編輯器
  • Shell 變數
  • 資料導向與管線處理
  • 正規表示法
  • sed 與 awk 工具
  • Shell Scripts - 簡介與 test 功能
  • Shell scripts - 條件判斷與迴圈
  • 開發工具 - make 與 makefile
  • 開發工具 - makefile 其他功能
  • *RCS 版本控制系統
  • *使用 QT 設計 KDE 視窗程式
  • Python
  • PyGTK
  • Glade
  • *Tarball 套件發行
  • *RPM 與 SRPM 套件發行
  • *套件修補、檢驗與管理
內容應該是用LaTeX寫出來的,之後再用latex2html轉成網頁

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2017年11月28日 星期二

在Mac上用Docker安裝TensorFlow

在Macintosh電腦下面,可以用《Python的virtualenv上安裝TensorFlow》。另一種比較簡單的方式則是使用Docker,方法依序如下:
  1. 安裝Docker:參考《Install Docker for Mac》
  2. 啟動Docker:點擊Docker圖示來啟動Docker
  3. 顯示安裝的docker版本:docker --version
    Docker version 17.09.0-ce, build afdb6d4
  4. 安裝TensorFlowDocker:docker pull tensorflow/tensorflow參考《Installing TensorFlow on macOS》當中Docker那段文章,或是在hub.docker.com上的這篇文章
  5. 啟動Docker:docker run -it -p 8888:8888 tensorflow/tensorflow
    ......
    Copy/paste this URL into your browser when you connect for the first time, to login with a token:
    http://localhost:8888/?token=0c1f4af783b92ef48ebc29c488a7765d438931e9f00ea243
  6. 使用瀏覽器,把上面紅色部分貼上(注意每個人的token都不一樣,請參考自己指令出現的結果)
這樣就可以使用瀏覽器開使用玩TensorFlow了。

2017年11月27日 星期一

在Python的virtualenv上安裝TensorFlow

TensorFlow是個開源的機器學習軟體。可以用Python, C++, Java, Go來跑,這邊介紹的安裝方式為透過《Mac上Python的虛擬環境virtualenv》來安裝與使用TensorFlow。
  1. source /tmp/pyve/bin/activate
  2. easy_install -U pip
  3. pip install --upgrade tensorflow 
  4. source /tmp/pyve/bin/activate
  5. (tensorflow)$ python
  6. import tensorflow as tf
    hello = tf.constant('Hello, TensorFlow!')
    sess = tf.Session()
    print(sess.run(hello))
  7. (tensorflow)$ deactivate
上面指令的,藍色的部分是安裝綠色的部分是啟動TensorFlow:

2017年11月25日 星期六

在Windows用7-Zip解壓縮

Linux預設就有tar這個壓縮與解壓縮的指令,但Windows沒有。這邊介紹7-Zip,是個開放原始碼的壓縮與解壓縮軟體,官方網站說明為:
  • 支援壓縮(packing)與解壓縮(unpacking)的格式:
    • 7z, XZ, BZIP2, GZIP, TAR, ZIP and WIM
  • 僅支援解壓縮的格式:
    • AR, ARJ, CAB, CHM, CPIO, CramFS, DMG, EXT, FAT, GPT, HFS, IHEX, ISO, LZH, LZMA, MBR, MSI, NSIS, NTFS, QCOW2, RAR, RPM, SquashFS, UDF, UEFI, VDI, VHD, VMDK, WIM, XAR and Z
  • 支援87種語言
  • 在下面的作業系統都可以用
    • Win10, 8, 7, Vista, XP, 2012, 2008, 2003, 2000, NT
    • Linux/Unix
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2017年11月24日 星期五

Mac上安裝Python的虛擬環境virtualenv

使用虛擬環境virtualenv,就可以創建一個獨立且隔離的Python環境,這時候想要在上面開發任何東西,都不會與系統的Python混淆在一起。下面介紹如何在Macintosh上面做出Python的virtualenv(資料夾放在/tmp/pyve上),打開終端機依序執行:
  1. sudo easy_install pip
  2. sudo pip install --upgrade virtualenv
  3. virtualenv /tmp/pyve
    或是 
    virtualenv --system-site-packages /tmp/pyve
  4. tree -L 2 /tmp/pyve 會顯示出有下面這幾個程式
    • /tmp/pyve/bin/activate
    • /tmp/pyve/bin/activate.csh
    • /tmp/pyve/bin/easy_install
    • /tmp/pyve/bin/pip
上面指令意思是
  1. 用easy_install這個指令來安裝pip,一個Python安裝軟體的程式
  2. 用pip這個指令來安裝Python的virtualenv
  3. 用virtualenv這個指令,/tmp/pyve安裝一個獨立的Python環境
    若是有加入--system-site-packages這個參數,那麼系統上面原本已經安裝的套件也將會安裝到這個獨立的Python環境當中
  4. /tmp/pyve裡面有什麼
    1. 在Bash或sh下啟動此virtualenv需要的腳本
    2. 在csh下啟動此virtualenv需要的腳本
    3. 此獨立環境下的easy_install
    4. 此獨立環境下的pip,當要安裝套件到此環境就要用這個指令

2017年11月23日 星期四

華碩路由器第三方韌體Asuswrt-Merlin

由於華碩路由器的韌體AsusWRT開放原始碼,且使用的是GPLv2授權,故自行修改變成地方三韌體,加入其他功能。Eric Sauvageau就根據AsusWRT客製化出另一個第三方韌體:Asuswrt-Merlin,下面這個網站的架構:

2017年11月22日 星期三

華碩路由器的韌體AsusWRT

買華碩Asus的無線網路基地台,裡面刷的韌體是AsusWRT。官方介紹只有英文版......,這個韌體基於Tomoto-RT/Tomato-USB進行修改[參照這篇文章],有開放原始碼,授權方式則為GPLv2。這個網頁目前把功能分成四大塊:

2017年11月21日 星期二

Mac上安裝Docker

要了解什麼是Docker,請參考《Docker —— 從入門到實踐­》正體中文版。這邊僅說明如何在Macintosh的系統上安裝與使用Docker:
  1. Docker Community Edition for Mac下載安裝用映像檔(Get Docker那個按鈕)
  2. 點開映像檔Docker.dmg,把拿隻藍色鯨魚logo拖到應用程式裡面
  3. 點開Docker藍色鯨魚,開始使用Docker
只要三步就安裝好Docker惹

2017年11月20日 星期一

微軟Word使用Tab來做靠右對齊

使用微軟Office的Word,在同一行中想要讓最後面的內容靠右對齊可以這樣做:
  1. 從View裡面打開Ruler
  2. 在編輯模式中,找到Ruler左上角,若為Mac Word設定成↰;若為Windows Word設定成右下角。代表是靠右對齊
  3. 在同一行裡面按Tab,Tab後面的文字就會靠右對齊
以上內容參考《How to Create a Right-Align Tab in MS Word》

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2017年11月19日 星期日

Windows安裝Python 3.x與相關套件

在Windows上面安裝Python 3.x,安裝時間是2017年11月,依序執行:
  1. python.org官網下載處抓最新的版本,現在是3.6.3
    抓到的檔案名稱為python-3.6.3.exe
  2. 點兩下剛剛下載的安裝包:Install Python 3.6.3 (32-bit)
        勾選 Install Launcher for all users (recommended)
        勾選 Add Python 3.6 to PATH
    最後選擇Customize installation
  3. Optional Features:這邊通通都選
  4. Advanced Options:這邊除了下面兩個debug的以外通通安裝
    設定Customize install location,也就是要安裝的資料夾位置。為了配合之前安裝Python2的習慣設定裝在C:\Python36
  5. Setup was successful:下面會出現一個選項
    Disable path length limit,請點選這個選項
這樣就安裝完畢了,接著檢查看安裝Python3到哪邊:
  • python --version
    Python 3.6.3
  • where python
    C:\Python36\python.exe
    C:\Python27\python.exe
會出現兩個是因為先前有做過Windows安裝Python2

2017年11月18日 星期六

Windows安裝Python 2.x與相關套件

下面說明如何安裝Python2.x到Windows10上面,安裝時間是2017年11月,依序執行:
  1. python.org官網下載處抓最新的版本,現在是2.7.14
    抓到的檔案名稱會是 python-2.7.14.msi
  2. 點兩下剛剛下載的安裝包
    若要給系統上所有使用者用,選Install for all users
    若是只有自己要用,選Install just for me
  3. Select Destination Directory:選擇安裝位置
    預設會安裝在C:\Python27\下面
  4. Customize Python 2.7.14:選擇需要安裝的相關東西
    請在這一步驟選擇"Entire features will be installed on the local drive"
    這樣才會把路徑都寫在系統的環境變數裡面
  5. Install Python 2.7.14:開始安裝,安裝完以後按Finish
    這邊會感謝Mark Hammond,沒有他免費的幫忙,現在還只會是Python for DOS而不是Python for Windows
安裝完畢,開啟命令提示字元(cmd)、或是Windows PowerShell,輸入:
  • python --version
    Python 2.7.14
  • where python  
  • where pip 
可以看到系統已經安裝了python 2.7.14,後面兩個指令是在看路徑用的。要執行Python的話,也可以直接從開始畫面找到Python2.7,開啟IDLE (Python GUI) 

2017年11月17日 星期五

解開Viewsonic VX2255wmb選單鎖定

要開啟或是關閉優派(Viewsonic,三隻鳥) VX2255wmb這個螢幕的選單鎖定
  • 按住[1]和向上箭頭(上面數來第二個按鍵)10秒鐘
要開啟或是關閉電源鎖定則是
  • 按住[1]和向下箭頭(下面數來第二個按鍵)10秒鐘
以上參考相關文件,找到選單與電源鎖定設定

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2017年11月16日 星期四

where, Windows查詢程式執行位置的指令

在UNIX-like系統上面,可以直接用which這個指令就知道某個程式是從哪邊被執行的。在Windows上,則是使用where:
  1. where where
    C:\Windows\System32\where.exe
  2. where /?
第1個指令是在找出where這個指令放在甚麼地方,第2個指令則是where指令的使用方式。以上內容參考 Is there an equivalent of 'which' on the Windows command line? 

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2017年11月15日 星期三

The Bash Hackers Wiki

用Bash寫程式化腳本(Shell Script)如果覺得man page太難閱讀,可以參考《The Bash Hackers Wiki》,網站內容包含了:

2017年11月14日 星期二

Bash將指令輸出結果存到變數

要將指令(例如說ls)的輸出結果存到變數有下面三種方法:
  1. VAR1=`ls`; echo $VAR1
  2. VAR2=$(ls); echo $VAR2
  3. VAR3="$(ls)"; echo $VAR3
第2, 3種方式在指令充滿escape characters的時候比較不會出問題。更多相關資訊參考:
簡單說就是在shell script裡面取值盡量不要用back-ticks ``,而是使用$(),或是用"$()"

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2017年11月11日 星期六

Mac安裝GNU的gfortran

Macintosh如果安裝了Xcode以後,會給gcc, g++這兩個編譯器,但卻沒有gfortran。在編譯某些科學軟體的時候,如果裡面有FORTRAN程式碼,那需要另外裝。安裝方式也很簡單,首先到下面的網站下載:
目前有下面幾個可以下載:
  • macOS Sierra (10.12): download gfortran 6.3
  • OS X El Capitan (10.11): download gfortran 6.1
  • OS X Yosemite (10.10): download gfortran 5.2 or gfortran 4.9.2
  • OS X Mavericks (10.9): download gfortran 4.9.0 or gfortran 4.8.2
  • OS X Mountain Lion (10.8): download gfortran 4.8.2
  • OS X Lion (10.7): download gfortran 4.8.2
更多詳細的說明看這裡,有提到安裝前的注意事項與如何移除gfortran

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2017年11月10日 星期五

GTW分享GNU/Linux與Open Source

G. T. Wang的個人部落格,內容多為Linux系統操作與開放原始碼相關。在Linux操作方面有許多技巧可以參考。部落格原本是放在Blogger上面,後來轉成自己用WordPress架設:
  • GTW舊站(Blogger):最後更新在2015年3月左右,後來都搬到新站上
  • GTW新站(WordPress):以下是此站的主要分類,
    • 物聯網:很多樹莓派的使用技巧,還有其他一些小主機
    • 網站架設:想要G. T. Wang一樣自己架站,可以參考裡面的說明
    • 程式設計:主要就下面四種
      • R:統計與資料分析好用
      • VBA:Excel裡面要寫自己用的巨集看這邊
      • Perl:裡面許多可以直接使用的範例
      • Octave:開放原始碼的MatLab,但這邊沒什麼內容
    • 統計:機器學習(Machine Learning)與大數據(Big Data)放在這邊...
    • 素食:作者吃素,所以這邊是素食美味集合區
    • 特價優惠:基本上都是跟架站有關的特價
    • 宗教:作者的宗教信仰專區
如果是對樹莓派網頁開發Linux操作Windows與Office操作實用電腦測試工具有興趣,這個部落格蠻有幫助的。開箱文有一些是廠商借設備給的測試文,蠻值得看的~

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2017年11月9日 星期四

Mac上安裝ACPYPE

在Macintosh上面安裝ACPYPE(發音是ace + pipe)只要一行指令:
  • svn checkout http://ccpn.svn.sourceforge.net/svnroot/ccpn/branches/stable/ccpn/python/acpype acpype
下載完會出現“Checked out revision 10168.”,代表目前的版本是10168
這個軟體的相關訊息參考這裡CCPN上面的介紹

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2017年11月6日 星期一

各種恐懼

由-phobia結尾的單字代表對某些事情的恐懼,在Linux上面可以用下面指令:
  • grep phobia$ /usr/share/dict/words
    claustrophobia
    homophobia
    hydrophobia
    phobia
    xenophobia
由A到Z的各種恐懼則可參考架空馬戲團的文章《無用知識:人類真膽小》,例如說上面的例子就是:
  • claustrophobia:  幽閉恐怖症
  • homophobia:  恐同症
  • hydrophobia:  恐水症
  • xenophobia:  陌生/外國人恐懼症
更多的人類恐懼請參考Oxford Dictionary《List of phobias》

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2017年11月5日 星期日

Mac上同時開啟多個PyMOL

有時候會需要同時開啟多個pymol視窗來比較多個分子,這時候如果已經有開啟的視窗,那點選其他分子就會跳在同一個視窗內,只能夠先用下面指令開啟多pymol視窗,再把分子拉到不同的視窗裡面:
  • /Applications/PyMOL.app/Contents/MacOS/PyMOL &>/dev/null &
  • /Applications/MacPyMOL.app/Contents/MacOS/MacPyMOL &>/dev/null &
藍色指令給PyMOL 2.x版使用,綠色指令給1.x版的MacPyMOL用
以上方式參考《[PyMOL] RE: multi-instances of pymol on OS X》

2017年11月4日 星期六

Mac螢幕截圖去除陰影

Mac用快速鍵做螢幕截圖,例如說:
  • Cmd-Shift-4 + space + 點選要擷取的視窗
截下來的圖片都會有陰影。想要擷取時不要有陰影,可以這樣做:
  • Cmd-Shift-4 + space + option-點選要擷取的視窗

2017年11月3日 星期五

Word for Mac開啟拼字檢查

拼字檢查預設應該是打開的,只是之前手賤關閉,找了好久才又打開。此系統是macOS Sierra 10.12.6、Word的版本是15.39 (171010)。打開Word以後:

一、選Reivew > Language,取消Do not check spelling or grammar,如下圖:

二、左上角Word > Preferences... > Spelling & Grammar,開啟Check spelling as you type,設定畫面如下圖:
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2017年11月2日 星期四

AMBER上對組氨酸histidine的命名

一般來說,PDB格式對於組氨酸的名稱為HIS,但在AMBER上,會根據組氨酸(histidine)的質子化狀態(protonation state)不同而有三種不同的名稱:
  1. HID:Histidine with hydrogen on the delta nitrogen
    組氨酸其delta nitrogen上面有hydrogen
  2. HIE:Histidine with hydrogen on the epsilon nitrogen
    組氨酸其epsilon nitrogen上面有hydrogen
  3. HIP:Histidine with hydrogens on both nitrogens; this is positively charged
    組氨酸其delta與epsilon nitrogens上面有hydrogens,讓組氨酸帶正電
參考《AMBER Histidine residues》此網頁看delta與epsilon nitrogen的位置
  • 質子化(protonation)加入質子(protein)也就是hydrogen cation到分子上
  • 去質子化(deprotonation)則是從分子上移除hydrogen cation
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2017年11月1日 星期三

螢幕解析度(Display Resolution)

買電腦螢幕的時候,常會遇到縮寫,像是4K、WQHD、UWHD、HD 1080等等,代表的其實都是螢幕解析度,下面來自維基百科的圖片很清楚:
螢幕解析度,紅色4:3、紫色8:5、藍色16:9、土黃色17:9、粉紅色21:9

例如說圖片中央的藍色字卡寫著HD 1080、小字寫著1920x1080,代表著橫軸有1920個像素、1縱軸有1080個像素。上圖的不同顏色代表不同的長寬比:
  • 黃色:5:4,常見縮寫為SXGA
  • 紅色:4:3,常見縮寫為VGA, SVGA, XGA
  • 綠色:3:2,常見縮寫為WSXGA
  • 紫色:8:5,常見縮寫為WXGA, WXGA+
  • 橘色:5:3,常見縮寫為WXGA
  • 藍色:16:9,常見縮寫為HD 720, HD 1080, WQHD, UHD-1
  • 土黃色:17:9,常見縮寫為2K, 4K
  • 粉紅色:21:9,常見縮寫為UWHD, UWQHD