GROMACS用RMSD估計構型變化

跑完蛋白質分子模擬後，將分子的軌跡畫出來以外，最常做的就是估計其構型的變化。通常會計算backbone的root-mean-square deviation (RMSD)，在GROMACS是這樣做：

1. gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc \
   -pbc mol -ur compact \
   -o md_noPBC.xtc
2. gmx rms -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -tu ns -o rmsd.xvg 

上面指令的意思是：

1. trjconv指令會移除periodic boundary conditions (PBC)的影響，不然後面計算出來的RMSD會是錯誤的。
2. rms指令則是計算RMSD，會有兩個步驟，先選fitting group（通常就是backbone atoms）、再選計算RMSD的group（通常也是backbone atoms）

若計算的裡面包含了protein與ligand，而且希望自動輸出不要手動選group，那上面兩個指令可以變成下面的寫法：

1. echo "22" | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc \
   -pbc cluster -fit translation \
   -o md_noPBC.xtc
2. printf "4\n4\n" | gmx rms -s md.tpr -f md_noPBC.xtc \
   -tu ns -o rmsd.xvg 

_EOF_