Ubuntu 18.04升20.04，用dpkg重新設定

為了升級Ubuntu 18.04，先依序執行下面的指令完成更新前的準備：

1. sudo apt update -y
2. sudo apt upgrade -y
3. sudo apt install -y update-manager-core
4. sudo ufw allow 1022/tcp
5. sudo iptables -I INPUT -p tcp --dport 1022 -j ACCEPT

這邊跟《Ubuntu 16.04升級系統遇到ascii codec錯誤》從16.04升級到18.04的差別在第3個指令。後面第4, 5兩個指令則是因為透過SSH遠端執行升級，故需要開啟備用通道。都完成後下指令：

• sudo do-release-upgrade

更新Ubuntu 18.04的kernel從4.10到4.15

從16.04升級到18.04的系統，其Kernel核心還是16.04所帶的4.10.0。先用下列指令看有哪些核心可以升級：

• cat /etc/os-release && uname -a
• dpkg --list | grep linux-image | grep -v 16.04 

會看到可以用的kernel版本是4.15.0，再用apt指令要更新的kernel裝起來：

• sudo apt install -y linux-image-4.15.0-225-generic linux-modules-4.15.0-225-generic linux-modules-extra-4.15.0-225-generic
  
  

裝好Kernel以後，可以先重開機一次。開完機以後會發現核心還是舊版的4.10.0，這是因為系統有新的核心但是開機選單GRUB並沒有修改。

Ubuntu 16.04升級系統遇到ascii codec錯誤

舊的Ubuntu 16.04 LTS要用do-release-upgrade指令將系統升級到18.04 LTS的時候，出現看起來就是locale字集的設定錯誤：

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/bin/do-release-upgrade", line 123, in <module>
    print(_("Checking for a new Ubuntu release"))
UnicodeEncodeError: 'ascii' codec can't encode characters in position 0-6: ordinal not in range(128) 

Ubuntu 16.04用ESM做安全性更新

 Ubuntu 16.04 LTS的LTS（ long term support）代表著會有10年的產品週期：

1. 前五年：Stanadard support 標準支援。以16.04 LTS為例從2016年4月開始
• 約2.5年的Hardware and maintenance updates
• 約2.5年的maintenance updates
2. 後五年：ESM（Extended Security Maintenance）擴展安全修補。從2021發布說Ubuntu 16.04 LTS會支援到2026年4月，剛好就是10年。
• 這段時間要拿到安全性更新，需要去Ubuntu Pro免費註冊一個帳號，透過這個帳號拿到token，使用此token才能繼續ESM。指令如下：
1. sudo apt install ubuntu-advantage-tools -y
2. sudo pro attach 從UbuntuPro拿到的token
• 建議上述兩個指令如果是遠端操作要在screen狀況下

檢查Ubuntu是Desktop還是Server版本

檢查安裝的Ubuntu是桌面(Desktop)還是伺服器(Server)版本，用指令：

• dpkg -l ubuntu-desktop，若顯示下方資訊代表不是Ubuntu Desktop
  dpkg-query: no packages found matching ubuntu-desktop
  
  
• dpkg -l ubuntu-server，若顯示下方資訊代表不是Ubuntu Server
  dpkg-query: no packages found matching ubuntu-server

安裝GROMACS-2018.1在Ubuntu 16.04

GROMACS 2018出了更新版2018.1，參考《安裝GROMACS-2018在Ubuntu 16.04》，這邊是安裝gmx2018.1到Ubuntu 16.04上，使用cuda-9.1來加速。以下是安裝紀錄

用iptables做port redirection

要讓內網的機器可以透過對外部的機器從外面直接連線，例如說SSH

• 外部的機器IP位址：publicIP
• 內部的機器IP位址：privateIP

這時候希望透過下面的指令，直接連線到內部機器：

• ssh -p 9487 username@publicIP

安裝GROMACS-2018在Ubuntu 16.04

GROMACS 2018於2018年1月10日釋出，新增的功能參考《GROMACS 2018》。由於安裝的版本有用GPU加速，參考了下面幾篇文章：

• Ubuntu 16.04裝GROMACS-2016.3
• Ubuntu 16.04上安裝CUDA 9.1 Toolkit
• Ubuntu 16.04固定開機GRUB選單

以下詳細說明安裝的過程

GROMACS無法用CUDA加速

系統是Ubuntu 16.04，在跑mdrun的時候出現下面問題

NOTE: Error occurred during GPU detection:

CUDA driver version is insufficient for CUDA runtime version 

Can not use GPU acceleration, will fall back to CPU kernels.

用/usr/local/cuda/samples/1_Utilities/deviceQuery測./deviceQuery出現

./deviceQuery Starting... 

CUDA Device Query (Runtime API) version (CUDART static linking) 

cudaGetDeviceCount returned 35 -> CUDA driver version is insufficient for CUDA runtime version Result = FAIL

原本以為是CUDA driver與CUDA runtime version（也就是CUDA toolkit version）搭配不起來（搭配的列表看這裡），測試的指令如下：

• nvcc --version    （看Cuda compiler driver、CUDA toolkit的版本）
• nvidia-smi      （看系統安裝的硬體與driver的版本）
• cat /proc/driver/nvidia/version    （同上，會顯示NVRM version）

但不管怎樣檢查，通通都是可以配合的版本。最後才想到，當初希望機器的顯示用內顯而不要用獨顯，因為這個緣故，造成程式無法去找到GPU來跑。所以下完下面的指令：

• prime-select nvidia

這樣之後，機器就可以順利用CUDA加速了

安裝GROMACS-2016.3在Ubuntu 16.04

前面已經有五篇關於編譯GROMACS的文章：

• Debian上安裝GROMACS 4.6
• CentOS 7上編譯GROMACS-2016.2
• Fedora25上編譯GROMACS-2016.2
• Linux上安裝GROMACS-5.1.2
• 用Intel compiler安裝GROMACS-4.5.5

這次除了加入GPU加速外，先編譯完安裝後，再做測試。

Ubuntu 16.04只用內顯而不用獨顯

在一台同時有intel內顯與nvidia獨立顯卡的ubuntu 16.04主機上，希望僅僅只用內顯來顯示畫面，獨顯是要用來做GPU加速。先用下面指令安裝nvidia顯卡驅動（這邊找到此顯卡的驅動版本是375.39，請依照自己的顯卡型號去找對應的）：

• sapt-get install libcuda1-375 nvidia-375 nvidia-375-dev nvidia-libopencl1-375 

安裝完之後，會發現登入畫面還在，但是輸完帳號密碼之後不會直接進入圖形介面，而是直接跳回登入畫面。這是因為系統目前把顯示的工作直接丟給獨顯，而不是內顯。
解決方式：先按 Ctrl-Alt-F1 跳到virtual console，輸入：

1. prime-select intel
2. service lightdm restart

第一個指令是要求系統的顯示用intel的內顯，第二個指令則是重新啟動登入畫面。都做完以後，應該就可以登入到圖形介面了。

SPEC CPU® 2006簡介

SPEC CPU® 2006是個用來測試CPU效能的標準，裡面包含了兩種基準：

• SPECint® benchmarks：包含了12種基準的測試，測試整數運算
• SPECfp® benchmarks：包含了19種基準的測試，測試浮點數運算