R套件安裝後存在系統上的位置

安裝在Linux上面的R，可用下面的指令來看library路徑：

• .libPaths()

在Debian裏面預設會顯示（前面的數字代表使用套件的順序、藍色代表在R環境下安裝、綠色代表在系統環境下安裝）：

• [1] "/home/使用者名稱/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1" 
• [2] "/usr/local/lib/R/site-library"
• [3] "/usr/lib/R/site-library"
• [4] "/usr/lib/R/library"

查詢MacPorts的所有套件

MacPorts Version 2.7.1包含的所有套件都在這個路徑：

• /opt/local/var/macports/sources/rsync.macports.org/macports/release/tarballs/ports

不同版本的Python分別安裝套件

幫Python裝套件最流行的是pip，從Python 2.7.9以後，預設的binary安裝檔就會包含這隻套件安裝程式。幫同一台機器上不同的Python安裝套件biopython：

1. python -m pip install biopython
2. ./env/bin/python -m pip install biopython
3. python-3.6 -m pip install biopython
4. /opt/Python-2.7.18/bin/pip install biopython

上述指令分別是幫相同機器上的各個版本的Python安裝套件：

Python的pip看套件可安裝的版本

使用Python的套件管理程式pip安裝套件前可先看用search指令來看安裝的版本，例如說套件biopython：

• pip search biopython

這樣就會顯示會安裝的biopython版本。若要看有哪些版本可安裝則是輸入：

• pip install biopython==

安裝Package Control到Sublime

在Sublime上面安裝套件，除了比較麻煩得用手動抓套件下來安裝以外，還可以先安裝套件管理Package Control。安裝步驟如下：

1. 打開Sublime
2. 工具列點選 View > Console （見下圖）
3. 到Package Control上面複製程式碼
4. 把程式碼貼到console的提示符號區，按下Enter

Ubuntu 18.04刪除Amazon的icon

安裝完Ubuntu 18.04以後，預設在工具列上會有一個Amazon的按鍵，按下去後會直接開啟亞馬遜的網站。覺得很煩的話，直接在終端機質性下面指令刪除：

• sudo apt purge ubuntu-web-launchers

指令每個參數的意思如下：

在Ubuntu上修復apt損壞的套件

在Ubuntu或Debian這一類使用apt安裝軟體的系統上，有時候會出現錯誤訊息

• Unable to correct problems, you have held broken packages

這代表著套件系統裡面出現不一致的情況，解決方法是依序執行：

1. sudo apt --fix-missing update
2. sudo apt-get -f install

Ubuntu可供apt更新的台灣站台

在修改 /etc/apt/sources.list 的時候會用到的站台

• http://ftp.ubuntu-tw.net/ubuntu/ 
• http://tw.archive.canonical.com/ubuntu/
• http://free.nchc.org.tw/ubuntu/

要看完整的站台列表則參考下面的官方連結，包含站台狀態資訊：

Debian 7上可用的sources.list

Debian 7（wheezy）現在已經是到了產品壽命結束（End-of-life, EOF）週期，所以/etc/apt/sources.list裡面的站台幾乎都已經停止wheezy的套件維護。若不想要升級系統而繼續使用wheezy，那就在裡面加入這行讓apt-get指令還可繼續使用：

• deb http://archive.debian.org/debian/ wheezy main

參考資料

• Debian wheezy, update repository [duplicate]

_EOF_

Linux檢查程式來自那個套件

在Debian/Ubuntu等這系列使用deb package的，檢查程式所屬套件指令如下：

• dpkg -S /bin/cat
• dpkg -S /usr/bin/top

查詢時若沒有用絕對路徑，那上述指令就會把含有這個關鍵字的檔案與指令所屬的套件都列出來。若系統是CentOS/Fedora這一系列使用rpm的，檢查程式所屬套件就要用：

安裝R套件遇到LC_XXX failed, using "C"

在Mac上面安裝某些R套件的時候，出現下面的錯誤訊息

During startup - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_COLLATE failed, using "C"
3: Setting LC_TIME failed, using "C"
4: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
5: Setting LC_PAPER failed, using "C"

解法是在~/.Rprofile裡面加入這一行

• Sys.setenv(LANG="en_US.UTF-8")

R的啟動順序與環境變數

R在啟動的時候，會依序去讀下面的幾個設定檔：

1. R_HOME/etc/Renviron：其中的R_HOME定義在啟動的腳本裡面。例如說/usr/bin/R 這是一個腳本，裡面就會定義R_HOME所在位置
2. R_HOME/etc/Renviron.site：若沒設定R_ENVIRON才會執行
   阻止用參數 --no-environ
3. ~/.Renviron：若沒設定R_ENVIRON_USER，會執行
   阻止用參數 --no-environ
4. R_HOME/etc/Rprofile.site：若沒設定R_PROFILE才會執行
   阻止用參數 --no-site-files
5. ~/.Rprofile：若沒設定R_PROFILE_USER才會執行
   阻止用參數 --no-init-file
6. .RData：若目前工作目錄有此檔案，才會直接載入
   阻止用參數 --no-restore-data

若是想要乾淨的都不要讀，那就直接執行

• R --vanilla

所謂的 --vanilla就是--no-save --no-restore --no-site-file --no-init-file --no-environ

簡介R套件：安裝、更新、移除、載入

以下內容翻譯與整理《R Packages: A Beginner's Guide》一文，主要段落為：

1. 什麼是R套件（packages）
2. 什麼是套件倉庫（repositories）
3. 如何安裝一個R套件
4. 如何更新、移除與檢查已經安裝的套件
5. 其他圖形化套件安裝介面
6. 如何載入（load）套件
7. 套件（package）和library的差別
8. 一次載入多個套件
9. 卸載（unload）套件
10. 其他相關文件

在CentOS 7上面安裝R語言

這邊介紹在CentOS 7.6.1810上面安裝R語言：

1. sudo yum install epel-release
2. sudo yum install R
3. which R
   /usr/bin/R
4. R --version
   R version 3.5.1 (2018-07-02) 

用yum安裝最快速，以上指令的意思是：

CentOS 7安裝EPEL擴充資源庫

EPEL (Extra Packages for Enterprise Linux) 是Linux的企業擴充套件之簡稱。在CentOS 7上面安裝方式只要在終端機上使用下面這行指令：

• sudo yum install epel-release

要驗證有哪些套件資料已經安裝，則是使用下面指令：

• yum repolist

安裝Mac上的套件管理軟體MacPorts

MacPorts是個根據BSD上面的ports移植到Mac上的套件管理軟體。安裝步驟如下：

1. 安裝Xcode與Xcode Command Line Tools：參考這裡
2. 同意Xcode license，在終端機上下指令：sudo xcodebuild -license
3. 根據Mac OS X的版本下載pkg檔案，點兩下安裝
1. macOS High Sierra v10.13（目前是2.5.3版）
2. macOS Sierra v10.12（目前是2.5.3版）
3. OS X El Capitan v10.11（目前是2.5.3版）

安裝Mac上的套件管理軟體Homebrew

相對於MacPorts，Mac要安裝第三方軟體的另一個選擇是Homebrew。安裝方式只要打開終端機（Terminal），輸入下面指令：

• /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

這樣Homebrew就會將套件安裝在他自己的資料夾 /usr/local/Homebrew，再用symbolic link連結到 /usr/local下。目前看起來似乎不會跟MacPorts相衝

用MacPorts安裝軟體

MacPorts是一套第三方套件管理系統，從BSD的ports弄到Macintosh上，使用方法如下：

1. port search KEYWORD
2. port search PACKAGE
3. port variants PACKAGE
4. port deps PACKAGE
5. port info PACKAGE
6. sudo port install PACKAGE 
7. port content PACKAGE
8. port dependents PACKAGE
9. port rdependents PACKAGE

上面的指令，藍色的是安裝軟體之前、紅色為安裝指令、綠色的是安裝之後，綠色的指令在還沒有安裝軟體之前是看不到任何相關的資訊的

Windows安裝Python 3.x與相關套件

在Windows上面安裝Python 3.x，安裝時間是2017年11月，依序執行：

1. 到python.org官網下載處抓最新的版本，現在是3.6.3
   抓到的檔案名稱為python-3.6.3.exe
2. 點兩下剛剛下載的安裝包：Install Python 3.6.3 (32-bit)
       勾選 Install Launcher for all users (recommended)
       勾選 Add Python 3.6 to PATH
   最後選擇Customize installation
3. Optional Features：這邊通通都選
4. Advanced Options：這邊除了下面兩個debug的以外通通安裝
   設定Customize install location，也就是要安裝的資料夾位置。為了配合之前安裝Python2的習慣，設定裝在C:\Python36
5. Setup was successful：下面會出現一個選項
   Disable path length limit，請點選這個選項

這樣就安裝完畢了，接著檢查看安裝Python3到哪邊：

• python --version
  Python 3.6.3
• where python
  C:\Python36\python.exe
  C:\Python27\python.exe

會出現兩個是因為先前有做過Windows安裝Python2

Windows安裝Python 2.x與相關套件

下面說明如何安裝Python2.x到Windows10上面，安裝時間是2017年11月，依序執行：

1. 到python.org官網下載處抓最新的版本，現在是2.7.14
   抓到的檔案名稱會是 python-2.7.14.msi
2. 點兩下剛剛下載的安裝包
   若要給系統上所有使用者用，選Install for all users
   若是只有自己要用，選Install just for me
3. Select Destination Directory：選擇安裝位置
   預設會安裝在C:\Python27\下面
4. Customize Python 2.7.14：選擇需要安裝的相關東西
   請在這一步驟選擇"Entire features will be installed on the local drive"
   這樣才會把路徑都寫在系統的環境變數裡面
5. Install Python 2.7.14：開始安裝，安裝完以後按Finish
   這邊會感謝Mark Hammond，沒有他免費的幫忙，現在還只會是Python for DOS而不是Python for Windows

安裝完畢，開啟命令提示字元(cmd)、或是Windows PowerShell，輸入：

• python --version
  Python 2.7.14
• where python  
• where pip 

可以看到系統已經安裝了python 2.7.14，後面兩個指令是在看路徑用的。要執行Python的話，也可以直接從開始畫面找到Python2.7，開啟IDLE (Python GUI)