結構比對後計算RMSD

通常對齊結構後，計算差異的RMSD會根據對到的原子，若想要對齊所有的C-alpha原子，可以用rms_cur這個指令搭配matchmaker這個參數

• fetch 2lyz
• fetch 135l
• split_chains *
• rms_cur 2lyzA, 135lA
• rms_cur 2lyzA and n. ca, 135lA and n. ca
• rms_cur 2lyzA and n. ca, 135lA and n. ca, matchmaker=-1
• cealign 2lyzA, 135lA
• rms_cur 2lyzA and n. ca, 135lA and n. ca
• rms_cur 2lyzA and n. ca, 135lA and n. ca, matchmaker=-1

這邊要注意，rms_cur並不會處理alternate location的問題，所以必須要先刪除alternate locations，刪除方式參考《處理PDB裡面的alternate location》

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終端機提示符號外掛Powerline

終端機的命令提示總是醜醜的，現在可以安裝powerline這個外掛，讓命令提示字元更加漂亮。下面介紹的修改Bash的命令提示字元

安裝php5本體與所有的套件

在Ubuntu與Debian這種用deb package安裝系統上面，用下面一個指令就能夠安裝所有php5與相關的套件：

• sudo apt-get install php5-*

但如果想要除了mysql以外其他的所有套件，可以用下面的指令：

• sudo apt-get install `apt-cache search php5 | grep ^php5 | cut -f1 -d ' ' | grep -v mysql | tr '\n' ' '`

用apt-cache search將所有php5相關的套件列出，用cut -f1 -d ' ' 將套件名稱留下來，再用grep -v mysql將mysql套件給刪掉，最後用tr '\n' ' '`將所有的套件串成一行

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GROMACS計算所有C-alpha的距離

參考《模擬Tryptophan cage的分子動態》，做這個蛋白質分子模擬1 ns，最後會得到configuration file "md.tpr"與trajectory file "md.xtc"這兩個檔案。使用pairdist這個指令來計算此蛋白質中任意兩兩C-alpha原子之間的距離，存放在pairdist.xvg這個檔案中：

• gmx pairdist -s md.tpr -f md.xtc -o pairdist.xvg -ref "group \"C-alpha\"" -refgrouping none -sel "group \"C-alpha\"" -selgrouping none

上面指令的參數意思分別是：

• md.tp：configuration file
• md.xtc：trajectory file
• pairdist.xvg ：任意兩兩C-alpha原子之間的距離存放在這邊。參考pairdist的說明，如果reference有N群 （r1, r2 ... rN）、selection有M群 （s1, s2 ... sN），那總共就會有1 + N*M個欄位。第一個欄位是時間，後面接的就是距離r1-s1, r2-s1 ... rN-s1 再來是 r1-s2, r2-s2 ... rN-s2、...、r1-sM, r2-sM ... rN-sM
• -ref "group \"C-alpha\""：reference points是C-alpha原子
• -sel "group \"C-alpha\""：比較的對象是C-alpha原子
• -refgrouping none：把reference group拆成一個一個比較
• -selgrouping none：把selection group拆成一個一個比較

改xfs檔案系統的標籤（LABEL）

目前一般Linux的檔案系統是ext4，如果要修改某檔案系統的標籤可以用tune2fs。但如果是xfs檔案系統，則必須要用xfs_admin這個指令：

• 安裝xfsprogs
• mkfs.xfs /dev/sde2
• xfs_admin -L TEMP /dev/sde2
• mount /dev/sde2 /temp

上述指令的意思是：安裝完xfsprogs之後，會有mkfs.xfs可以將sde2這個磁區格式化成xfs filesystem，再用xfs_admin將此磁區的標籤（LABEL）改成TEMP，最後掛載到/temp

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Mac的RAID-1開啟自動重建

Mac OS X內建software RAID-1的功能，當用磁碟工具程式（Disk Utility）將兩個硬碟做成RAID-1後，如果忘記從選項裡面增加"Automatically rebuild RAID mirror sets"這個設定，可以用下面的指令將此設定打開：

• diskutil appleRAID list
• sudo diskutil appleRAID update AutoRebuild 1 diskN

用第一個指令，找Device Node那一行，可以知道此RAID-1編號N是多少。第二個指令才是將自動重建（Automatically rebuild）的功能給打開。相關設定參考《Q: Changing "Automatically rebuild RAID mirror sets" setting》與《OS X將資料碟變成RAID-1(mirror)》

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Mac將RAID-1變回JBOD

之前的文章《OS X將資料碟變成RAID-1(mirror)》是將JBOD的硬碟轉成RAID-1，這邊則是反過來操作，將RAID-1變回JBOD：

• diskutil appleRAID list
• sudo diskutil appleRAID delete diskN

下完第一個指令，找Device Node那一行可知道RAID-1編號N是什麼，套用到第二個指令，將這個RAID-1變成兩個JBOD的磁碟。因為是RAID-1，所以變回JBOD之後硬碟裡面的資料都還會存在。英文可以參考《How to manage RAID volumes in El Capitan》

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用mdadm做RAID-1（mirror）

兩個一樣的硬碟，用mdadm做成RAID-1，用root登入指令如下：

1. fdisk /dev/sdc
2. sfdisk -d /dev/sdc | sfdisk /dev/sdd
3. mdadm -C /dev/md1 -l 1 -n 2 /dev/sd{c,d}1
4. mdadm --detail --scan >> /etc/mdadm.conf
5. mkfs.ext4 /dev/md1
6. tune2fs -L "MD1" /dev/md1
7. cat "LABEL=MD1 /md1    ext4    defaults    1 2" >> /etc/fstab
8. mkdir /md1 && mount /md1

Fedora螢幕截圖組合鍵

Fedora可以用下面組合鍵截圖，存到家目錄的圖片裡面：

• Printscreen：擷取整個螢幕
• Alt-Printscreen：擷取當下指定的視窗
• Shift-Preintscren：擷取選取的範圍

如果加上Ctrl，那就是存到剪貼簿（可以在其他程式裡面直接貼上）：

• Ctrl-Printscreen：擷取整個螢幕，存到剪貼簿上
• Ctrl-Alt-Printscreen：擷取指定的視窗，存到剪貼簿上
• Ctrl-Shift-Preintscren：擷取選取的範圍，存到剪貼簿上

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啟動Apache2的rewrite模組

Apache的rewrite模組可讓網址看起來比較簡潔（參考《【FreeBSD】在 Apache 利用 mod_rewrite 做到網址轉換》）。以下是安裝在Debian下面的Apache2打開rewrite模組的指令：

• a2enmod rewrite
• service apache2 restart

第一行指令打開了rewrite模組，其實也就只是在/etc/apache2/mod-enabled/下面用symbolic link連到/etc/apache2/mods-availabe/rewrite.load而已。第二行則是重新啟動apache2。打開以後，還是要另外修改configuration file，像是.htaccess或是httpd.conf這種檔案，參考《啟動 Ubuntu 下的 Apache mod rewrite 與相關設定 》

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讓Apache2支援php

架設網頁伺服器，讓使用者可以在自己家目錄的public_html裡面的php程式正確顯示在網頁上，依序執行：

1. sudo apt-get install apache2 php5 libapache2-mod-php5
2. 修改 /etc/apache2/mods-enabled/php5.conf，下面的設定要加上#，改成這樣
   #<IfModule mod_userdir.c>
   #    <Directory /home/*/public_html>
   #        php_admin_flag engine Off
   #    </Directory>
   #</IfModule>
3. sudo a2enmod php5 
4. sudo a2enmod userdir
5. service apache2 restart

計算核酸的濃度

現有一管single strand RNA (ssRNA)溶液1 mL，裡面的ssRNA重量是10 μg (microgram)，序列不知道但長度是41 nucleotides，計算此管ssRNA溶液的濃度：

• 重量濃度：10 μg / 1 mL = 10 * 10^-6 / 10^-3 g/L ＝ 10 * 10^-3 g/L = 10 mg/L

要計算體積莫耳濃度(molarity, M)，需要知道序列的分子量。如果序列已知又會寫Python程式可以參考這篇，不會寫程式的參考《DNA and RNA Molecular Weights and Conversions》，找到"Approximate M.W.'s of Nucleic Acids"這個段落：

• M.W. of ssRNA = (# nucleotides * 320.5) + 159.0 = (41 * 320.5) + 159.0 = 13299.5 g/mol = 13299.5 Daltons

上面公式是計算ssRNA分子量，如果是single-strand DNA或是double-strand DNA用：

• M.W. of ssDNA = (# nucleotides * 303.7) + 79.0
• M.W. of dsDNA = (# nucleotides * 607.4) + 157.9

有了分子量，可以用GraphPad的Molarity Calculator來計算體積莫耳濃度，或用下列公式手動作換算：

• 體積莫耳濃度：10 μg/mL = 10 mg/L = (10 mg/L) / (13299.5 g/mol)
  ≒ 0.0007519 mmol/L = 0.7519 μmol/L = 751.9 nmol/L = 751.9 nM  ≒ 0.75 μM

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根據不同條件排序/etc/passwd

根據UID, GID, username來排序/etc/passwd

• sort -n -t ':' -k3 /etc/passwd
• sort -n -t ':' -k4 /etc/passwd
• sort -t ':' -k1 /etc/passwd

-n 代表用string numeric value排序
-t 代表分隔符號，在passwd檔案裡面分隔符號是:
-k 代表排序根據的欄位，1代表第一欄

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