2018年2月25日 星期日

PyMOL分開與合併不同的states

遇到一些用NMR解出來的蛋白質分子,PDB檔案會有很多個models,在PyMOL裡面叫作不同的states。要分開這些states成獨立的結構,或是把獨立的結構合併成一個
  1. split_states 1nmr
  2. for x in cmd.get_names(): cmd.cealign("1nmr_0001///30-70/", x+"///30-70/")
  3. join_states 1nmr2, 1nmr_*

這邊的例子是Solution Structure of C-terminal Domain from Trypanosoma cruzi Poly(A)-Binding Protein,PDB code是1nmr。指令的意思如下:
  1. 將1nmr這個結構不同的state(或稱models)分開
    分開的物件名稱會變成1nmr_0001, 1nmr_0002, ......
  2. 將這些分開的結構以1nmr_0001為標準,通通對齊
    ///30-70/ 的意思是只用30-70的殘基為對齊的標準
  3. 將1nmr_0001, 1nmr_0002, ......等結構,再次合併成一個叫做1nmr2的結構

參考資料

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