蛋白質資料庫（PDB）的資料簡介

前面的《蛋白質資料庫（PDB）簡介》介紹了有哪些網站存放了蛋白質立體結構，這篇則是要說明其中RCSB PDB這個資料庫的資料。下面列出《Introduction to PDB Data》提到的主題：

• Biological Assemblies：由於大部分的蛋白質立體結構都來自於X-ray crystallography，所以解出來的結構是根據蛋白質結晶所得。因此，存放的結構有可能最基礎的結晶單位Asymmetric Unit，或是由作者提供的Biological Assembly（代表在生物體內有作用的結構）
• Dealing with Coordinates：所謂紀錄的立體結構，代表著記錄蛋白質分子裡面每個組成原子的座標（coordinates）。這一段就是在介紹PDB檔案如何存放這些原子座標內容
• Methods for Determining Structure：要得到上述的原子座標（或者稱之為“解結構“），有幾種不同的實驗方法可以做到，包含了
• X-ray Crystallography：X光結晶法
• X-ray Free Electron Lasers (XFEL)：這是種基於X-ray Crystallography的新方法，用飛秒雷射去打，然後組合許多繞射圖案來猜結構
• NMR Spectroscopy：核磁共振（Nuclear Magnetic Resonance）法
• Electron Microscopy：電子顯微鏡法。對於比較大的蛋白質是不錯的方式
• Missing Coordinates and Biological Assemblies：解結構並不一定總是可以得到所有的原子座標。這邊介紹有哪些情況下，會得到不完整的結構資訊
• Molecular Graphics Programs：解完結構後，有哪些軟體可以顯示立體結構。就像是地圖有許多表示法，結構也一樣有許多表現手法
• Resolution：解出來的結構的解析度
• R-value and R-free：解出來的結構的可信度。R越靠近0越好，一般來說會是0.2，隨機亂做的結果是0.63
• Structure Factors and Electron Density：結構的電子密度分佈
• Primary Sequences and the PDB Format：蛋白質序列與核酸序列存放在這邊
• Small Molecule Ligands：與整個蛋白質分子一起解出結構的小分子

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Lilli-Mip的蛋白質結晶

一般來說，要得到蛋白質的結晶結構（crystal structure）並不太容易，但對於Diploptera punctata這種蟑螂來說，因為下的蛋裡面卵黃太少不夠營養，所以會分泌黃色的“乳汁”給小蟑螂們吃。這種乳汁含有大量的Lilli-Mip這種蛋白質，多到會在小蟑螂體內形成結晶。

形成結晶的好處是，可以保持小蟑螂體內蛋白質的濃度，也就是說可以慢慢的提供小蟑螂生長所需的營養。Lilli-Mip結晶的熱量極高，比起相同重量的哺乳類奶可提供三倍的熱量；另外，Lilli-Mip蛋白質結晶除了氨基酸以外，還會包入油酸（oleic acid）與一些醣類，意思就是說吃這種結晶除了蛋白質以外，另外還可以攝取到脂肪酸與糖類。

蛋白質資料庫（PDB）簡介

蛋白質資料庫（Protein Data Bank, PDB），是存放蛋白質、或是生物巨分子立體結構的資料庫。其中Worldwide PDB (wwPDB) 這個組織存放所有結構資訊並確保這些資料可以被公眾自由存取，而來自世界各地的wwPDB members，會有自己的網站來提供大眾各自的服務

簡單說就是同份資料（由wwPDB統合），各自表述（由wwPDB members各自做網站）：

• PDBj (Protein Data Bank Japan)： 日本版，有日文、中文與韓文版本
• BMRB (Biological Magnetic Resonance Data Bank)：提供與NMR實驗相關結果，包含chemical shift, coupling constants, hydrogen exchange rates, pKa values, and relaxation parameters
• PDBe (Protein Data Bank in Europe)：歐洲版，提供一些進階服務像是PDBePISA, PDBeFold, PDBeMotif等等
• RCSB PDB (Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank)：美國版，有做行動版App、一些視覺化工具可用，還有不錯的教學資源

若對PDB這個資料庫不熟悉，或是不知道什麼叫做生物巨分子裡體結構，可以先從RCSB PDB的教學資源像是PDB-101、Molecular of the Month開始入門

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Python的套件管理程式PyPI（pip）

Python下面有許多套件（packages）可以使用。PyPI (the Python Package Index)是一套用來管理安裝這些套件的程式，指令名稱叫做pip。用python3.4搭配pip做示範：

1. sudo yum install python34
2. sudo yum install python34-pip

第一個指令是安裝python3.4，第二個指令是安裝pip，安裝完以後指令叫做pip3
都安裝好了之後依序執行下列指令：

1. pip3：pip3的說明文件
2. pip3 --version：列出PyPI與其搭配的Python版本
3. pip3 list：列出已經安裝的Python套件
4. pip3 show pip：列出預設就安裝的套件pip資訊。
   The PyPA recommended tool for installing Python packages.
5. pip3 show setuptools：列出預設就安裝的套件setuptools。
   Easily download, build, install, upgrade, and uninstall Python packages
6. sudo pip3 install --upgrade pip：升級pip自己

諸王的黃昏

此圖片來自Chris Stringer的Twitter，發表時間5:40 AM -10 May 2017

英文同義字與反義字

查某個字的同義字可用搜尋引擎找"synonyms of *"，或是用下面網站：

• Synonym.com同時給同義字（synonyms）與反義字（antonyms）
• Thesaurus.com可查同義字與反義字
• Merriam-Webster thesaurus除了同義反義字以外，還有相關字

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《頭文字Ｄ》所有片頭曲

安裝GROMACS-2016.3在Ubuntu 16.04

前面已經有五篇關於編譯GROMACS的文章：

• Debian上安裝GROMACS 4.6
• CentOS 7上編譯GROMACS-2016.2
• Fedora25上編譯GROMACS-2016.2
• Linux上安裝GROMACS-5.1.2
• 用Intel compiler安裝GROMACS-4.5.5

這次除了加入GPU加速外，先編譯完安裝後，再做測試。

Ubuntu 16.04上安裝CUDA-8.0

前一篇《Ubuntu 16.04只用內顯而不用獨顯》裝好了nvidia顯卡驅動程式，然後設定顯示用內部顯示而不是nvidia顯卡，這一篇則是繼續安裝CUDA-8.0

首先去CUDA下載頁面，找到所需的deb套件包，然後在virtual console內依序執行：

1. sudo service lightdm stop
2. sudo dpkg -i cuda-repo-ubuntu1604-8-0-local-ga2_8.0.61-1_amd64.deb
3. sudo apt-get update
4. sudo apt-get install cuda
5. sudo service lightdm start

注意第2步的套件包名稱請修改成自己下載的那個。
下載完成以後，新增一個 /etc/profile.d/cuda.sh 的檔案，加入下面三行：

• export PATH=/usr/local/cuda-8.0/bin${PATH:+:${PATH}}
• export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-8.0/lib64${LD_LIBRARY_PATH:+:${LD_LIBRARY_PATH}}
• export LD_PRELOAD=/usr/lib/nvidia-375/libnvidia-ml.so

Ubuntu 16.04只用內顯而不用獨顯

在一台同時有intel內顯與nvidia獨立顯卡的ubuntu 16.04主機上，希望僅僅只用內顯來顯示畫面，獨顯是要用來做GPU加速。先用下面指令安裝nvidia顯卡驅動（這邊找到此顯卡的驅動版本是375.39，請依照自己的顯卡型號去找對應的）：

• sapt-get install libcuda1-375 nvidia-375 nvidia-375-dev nvidia-libopencl1-375 

安裝完之後，會發現登入畫面還在，但是輸完帳號密碼之後不會直接進入圖形介面，而是直接跳回登入畫面。這是因為系統目前把顯示的工作直接丟給獨顯，而不是內顯。
解決方式：先按 Ctrl-Alt-F1 跳到virtual console，輸入：

1. prime-select intel
2. service lightdm restart

第一個指令是要求系統的顯示用intel的內顯，第二個指令則是重新啟動登入畫面。都做完以後，應該就可以登入到圖形介面了。

Excel儲存格內換行

用微軟的Excel的儲存格內，想要讓文字分成兩段，這時候需要用到換行：

列出APT套件其檔案在系統上的位置

用apt-get安裝套件非常容易，但安裝完以後會不知道究竟安裝了什麼東西到系統上。

若是已經安裝好的套件，用下面的指令查詢：

• dpkg-query -L <package_name>

若是尚未安裝的deb套件，用下面的指令查詢：

• dpkg-deb -c <package_name.deb>
• dpkg-query -c <package_name.deb>

若都還沒安裝，那這樣要用到apt-list這個套件：

1. sudo apt-get install apt-file
2. sudo apt-file update
3. apt-file list <package_name>