用mdadm做RAID-6

用四個一樣的硬碟，用mdadm指令做成RAID-6空間，用root登入指令如下：

1. fdisk /dev/sde
2. sfdisk -d /dev/sde | sfdisk /dev/sdf
3. sfdisk -d /dev/sde | sfdisk /dev/sdg
4. sfdisk -d /dev/sde | sfdisk /dev/sdh
5. mdadm -C /dev/md6 -l 6 -n 4 /dev/sd[e-h]1
6. mdadm --verbose --detail --scan >> /etc/mdadm/mdadm.conf
7. echo 8192 > /sys/block/md6/md/stripe_cache_size
8. echo "dev.raid.speed_limit_min=50000" >> /etc/sysctl.conf
9. echo "dev.raid.speed_limit_max=500000" >> /etc/sysctl.conf
10. mkfs.ext4 /dev/md6 -L MD6
11. echo "LABEL=MD6   /md6    ext4    defaults    0  2" >> /etc/fstab

測試MWeb上傳功能

下面是MWeb自動上傳Markdown文件，看起來格式沒有辦法都弄上來

安裝GROMACS-2016.2在CentOS 7

編譯過程參照《Fedora25上編譯GROMACS-2016.2》，cmake參數：

1. cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx2016.2-cuda8.0 -DGMX_GPU=ON  -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0 -DGPU_DEPLOYMENT_KIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0

意思是

1. 編譯GROMACS-2016.2，GPU加速使用CUDA-8.0。安裝位置是/opt/gmx2016.2-cuda8.0，大小是54M

要跑之前記得做

• sudo nvidia-smi --applications-clocks-permission=UNRESTRICTED
• source /opt/gmx2016.2-cuda8.0/bin/GMXRC

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用glance監控系統

在Linux上監控處理器與記憶體常用top, htop；看硬碟速度可以用iostat等，看硬碟使用量則是用df, pydf等等指令。若想要想要一次看CPU, MEM, Network, Disk等，可以用glance。在CentOS上安裝與使用只要：

• sudo yum install glances
• glances -t 1

在Mac上面也可以透過Macports來安裝：

• sudo port install glances
• glances -t 1

更多GUI與CLI監控程式，參考《A List Of Best System Monitoring Applications (GUI & CLI) For Ubuntu 12.04/Linux Mint 13》

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CentOS螢幕擷取

同《Fedora螢幕截圖組合鍵 》裡面的作法

用下面組合鍵擷圖，存到家目錄的圖片裡面：

• Printscreen：擷取整個螢幕
• Alt-Printscreen：擷取當下指定的視窗
• Shift-Printscren：擷取選取的範圍

如果加上Ctrl，那就是存到剪貼簿（可以在其他程式裡面直接貼上）：

• Ctrl-Printscreen：擷取整個螢幕，存到剪貼簿上
• Ctrl-Alt-Printscreen：擷取指定的視窗，存到剪貼簿上
• Ctrl-Shift-Preintscren：擷取選取的範圍，存到剪貼簿上

_EOF_

CentOS 7上安裝CUDA-8.0

在CentOS 7上安裝CUDA toolkit，參考《CentOS 7上安裝Nvidia驅動程式 》一文安裝驅動程式。安裝好驅動後到Nvidia官網下載安裝檔案 cuda-repo-rhel7-8-0-local-ga2-8.0.61-1.x86_64.rpm。執行下面的指令：

• sudo rpm -i cuda-repo-rhel7-8-0-local-ga2-8.0.61-1.x86_64.rpm
• sudo yum clean all
• sudo yum install cuda

CentOS 7上安裝Nvidia驅動程式

安裝過程和《Fedora上安裝Nvidia的驅動程式 》差不多，參考了一文《NVIDIA GeForce Driver Installation on CentOS 7 Linux 64-bit 》，但加入了DKMS的支援。此次安裝的硬體是i7-930，顯卡是Nvidia GTX 650。

CentOS 7使用EPEL軟件倉庫

下載EPEL這個套件：

• wget http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/7/x86_64/e/epel-release-7-9.noarch.rpm
• sudo rpm -ivh epel-release-7-9.noarch.rpm

確認EPEL套件資料庫已經安裝：

• yum repolist 

Loaded plugins: fastestmirror, langpacks
Loading mirror speeds from cached hostfile
 * base: centos.cs.nctu.edu.tw
 * epel: epel.mirror.angkasa.id
 * extras: centos.cs.nctu.edu.tw
 * updates: centos.cs.nctu.edu.tw
repo id               repo name                                           status
base/7/x86_64         CentOS-7 - Base                                      9,363
epel/x86_64           Extra Packages for Enterprise Linux 7 - x86_64      11,172
extras/7/x86_64       CentOS-7 - Extras                                      263
google-chrome         google-chrome                                            3
updates/7/x86_64      CentOS-7 - Updates                                     814

參考資料：

• How to Enable EPEL Repository for RHEL/CentOS 7.x/6.x/5.x

_EOF_

CentOS 7開啟SSD的trim

確定固態硬碟有沒有支援TRIM指令：

• sudo hdparm -I /dev/sda | grep TRIM

手動將所有可以作trim的磁區用fstrim作一次：

• sudo fstrim --verbose --all

對CentOS 7，開啟系統的fstrim（預設一星期會作一次）：

• sudo systemctl enable fstrim.timer

參考資料

• 爲安裝SSD的Fedora開啟trim 
• How To Configure Periodic TRIM for SSD Storage on Linux Servers

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用USB隨身碟安裝CentOS 7

這邊說明如何將安裝iso檔塞到檔塞到USB隨身碟上，用USB開機安裝CentOS 7。

步驟1：下載CentOS 7映像檔，這邊是抓最完整的everything iso

• sha256sum CentOS-7-x86_64-Everything-1611.iso
  af4969ebbdc479d330de97c5bfbb37eedc64c369f009cb15a97f9553ba441c88  CentOS-7-x86_64-Everything-1611.iso
• du -h CentOS-7-x86_64-Everything-1611.iso
  7.8G CentOS-7-x86_64-Everything-1611.iso

注意USB隨身碟的容量要大於映像檔的大小（7.8G）

步驟2：將iso檔案塞到USB隨身碟上

• dd if=CentOS-7-x86_64-Everything-1611.iso of=/dev/sdg

上面是在Linux下面用的指令，要是Mac的話，參考《把光碟的ISO燒到USB隨身碟上 》

步驟3：開始安裝

這邊參考G. T. Wang的《CentOS 7 的 Linux 系統安裝步驟教學》，有圖片說明整個安裝過程

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安裝GROMACS-2016.2在Fedora 25

在Fedora上手動編譯最新的GROMACS-2016.2版。根據官方網站上的Installation Guide，分成下面幾個步驟：

1. Get the latest version of your C and C++ compilers.
2. Check that you have CMake version 2.8.8 or later.
3. Get and unpack the latest version of the GROMACS tarball.
4. Make a separate build directory and change to it.
5. Run cmake with the path to the source as an argument
6. Run make, make check, and make install
7. Source GMXRC to get access to GROMACS

以下就是在Fedora25上面編譯GROMACS-2016.2的過程。
可以比較在這之前安裝的在Ubuntu14.04上GROMACS-5.12的步驟

監控Nvidia顯示卡

監控Nvidia顯示卡用nvidia-smi（NVIDIA System Management Interface）這個指令：

1. nvidia-smi
2. nvidia-smi -L
3. nvidia-smi -q -i 0
4. nvidia-smi -q -i 0 -x  
5. nvidia-smi -l 1

只有終端機顯示英文訊息

當安裝完中文化的Linux以後，終端機下指令回應的訊息都會變成中文。出現中文雖然方便閱讀，但有時候要google程式出現的問題的時候，還是英文比較方便。例如說執行df這個指令時，希望出現的回應是英文執行：

• LC_MESSAGES=C df

要永久讓終端機都顯示英文，那就在~/.bashrc加入下面這行：

• export LC_MESSAGES=C

安裝CUDA Toolkit到Fedora25上

安裝CUDA toolkit到Fedora 25上，首先要安裝驅動程式（參考Fedora上安裝Nvidia的驅動程式 ），之後再安裝CUDA Toolket，編譯後即可執行。本文參考《Fedora 24 install CUDA》與《安裝CUDA到Mac上》

先到Nvidia的官方網站上下載安裝程式 cuda-repo-fedora23-8-0-local-8.0.44-1.x86_64.rpm。目前只有Fedora23的版本，但還是可以安裝在Fedora25上面。下載後依序執行：

• sudo rpm -i cuda-repo-fedora23-8-0-local-8.0.44-1.x86_64.rpm
• sudo dnf clean all
• sudo dnf install cuda

裝好以後CUDA會安裝在 /user/local/cuda-8.0/ 這個資料夾中。另外要下三個指令，或是放在 ~/.bashrc 裡面

• export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
• export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
• export CPLUS_INCLUDE_PATH=$/usr/local/cuda-8.0/samples/common/inc:$CPLUS_INCLUDE_PATH

這樣就安裝好CUDA Toolkit了

安裝CUDA到Mac上

安裝CUDA到Mac上，首先要安裝CUDA driver，再來安裝CUDA toolkit，接著編譯CUDA samples看是否有正常安裝，最後就可以觀賞CUDA的範例～

步驟1：安裝CUDA驅動程式

到Nvidia的網站去下載CUDA driver for Mac。目前最新的版本是8.0.57，下載回來的映像檔名會類似 cudadriver-8.0.63-macos.dmg 這樣。點開按照說明安裝即可，裝完以後在系統設定（System Perferences）裡面會出現CUDA的選單，如下圖：

用Remarkable看Markdown文件

Remarkable是一套用來編輯Markdown文件的文字編輯器，同時支援Linux與Windows。安裝到Linux上的樣子參考Remarkable Screenshots，有下列幾項功能：

• Live Preview：編輯當下馬上可以看到格式化內文
• Github Markdown
• Export to PDF and HTML：可以將格式化文章匯出成為PDF或HTML格式
• Custom CSS：可以自行定義CSS

在Mac上面安裝Powerline

powerline可以讓終端機更易讀，前面的文章《終端機提示符號外掛Powerline》說明如何在Linux上安裝，這邊則是說明如何安裝到麥金塔電腦上。
在安裝前先了解兩件事情，一個是powerline是用python寫出來的終端機外掛程式，另外一個是powerine需要一些特殊的字型。


首先，安裝powerline。這邊是用Mac本身系統的python（/usr/bin/python）來安裝。由於powerline是用python寫的套件，所以在這邊用pip這個套件管理程式來安裝：

1. curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py | sudo python
2. pip install --user powerline-status
3. pip show powerline-status
4. git clone https://github.com/powerline/powerline.git
5. POWERLINE_PATH=~/Library/Python/2.7/lib/python/site-packages/
6. cp -r powerline/powerline/ $POWERLINE_PATH/powerline
7. cp -r powerline/scripts/ $POWERLINE_PATH/scripts

第1個指令是安裝pip，第2個指令則是安裝powerline、第3個指令則是確認安裝到哪邊。由於第2個安裝指令用了參數--user，因此powerline將會安裝到家目錄下面 /Users/使用者名稱/Library/Python/2.7/lib/python/site-packages
第4,5,6,7的指令是在設定powerline裡面的configuration，依序執行就是


安裝好powerline以後，再來安裝powerline所需要的字型

1. git clone https://github.com/powerline/fonts.git
2. cd fonts && ./install.sh

第1個指令是抓字型與安裝程式，第2個指令就是安裝字型到 /Users/使用者名稱/Library/Fonts


最後，修改 ~/.profile 加入下面兩行

• POWERLINE_PATH=~/Library/Python/2.7/lib/python/site-packages/powerline
• source $POWERLINE_PATH/bindings/bash/powerline.sh

另外，開啟終端機以後更改預設的顯示字型如下任一種

• Source Code Pro for Powerline
• Cousine for Powerline

開啟新的終端機就可以看到外掛powerline的終端機了

參考文獻：

《Install Powerline for Mac OS X》
《用Powerline美化你的Mac终端和Vim》

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