xmgrace調整圖示(legend)的位置

使用xmgrace繪圖，要調整圖示（legend）在圖片裡面的位置的步驟：

1. Plot > Ggraph Appearance：把Display legend打開
   設定完成後點Apply，確認無誤後點Close
2. Plot > Set Apperance > Legend
   在String:後面裡面填上圖示的名稱
   設定完成後點Apply，確認無誤後點Close
3. 按 Ctrl-L，滑鼠會從箭頭變成手指，點選圖示
   用滑鼠拖放圖示到想要的地方，按Esc結束拖曳

參考資料：

• Grace Tutorials by Edward Vigmond, section 2.5 Legend

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讓xmgrace搭配設定檔自動出圖

《讓xmgrace預設出圖是PNG檔》介紹如何讓xmgrace直接轉圖檔，但此方法如果是在遠端機器，因為沒有X window，會出現DISPLAY error的狀況。解法則是使用gracebat

• gracebat -nxy in.xvg -param xmgrace.param -hardcopy -printfile output.png

GROMACS計算特定一點到多點的距離

跑完分子模擬，想要看一群對很多群的最小距離，可以用pairdist這個指令。指令使用看這篇《GROMACS計算所有C-alpha的距離》。這指令麻煩的地方在於需要進入指令一行一行輸入要計算不同群，下面的指令則是直接執行版：

• gmx pairdist -s md.tpr -f md.xtc -type min -ref "group Met1" -sel "group Ile50; group Leu28; group Asp122; group Glu17" -o pairdist.xvg

上面這個指令可以計算Met1到Ile50、Leu28、Asp122、Glu17這四個殘基隨時間改變的最小距離，存在pairdist.xvg這個檔案裡面。

• Group的選擇請參考《gmx make_ndx》的說明
• -ref與-sel的語法則是參考《Selection syntax and usage》

用Xmgrace將資料轉成直方圖

下圖是某個分子模擬後，計算root-mean-square distance（RMSD）隨時間的變化圖

橫軸是時間（單位為奈秒），縱軸是RMSD（單位是奈米）。從上圖可以知道RMSD約莫都在0.2 nm左右，但現在想要知道其分佈的樣子，依照下面順序操作：

1. 選單 Data > Transformation > Histogram
2. 選擇資料點放在source區域，點選後會反白，destination區域則都不要選。由圖的的data叫做G0.S0[2][20001]，意思是說總共有20001個點
3. 選擇縱軸（這邊是RMSD）的start與stop，當成直方圖的起點與終點。這邊參考上圖的縱軸，設定 0與 0.3
4. 選擇直方圖總共要出現多少跟柱子（bin），在這邊設定30個，意思就是在 0 與 0.3 之間有30個區間
5. 點 Apply 套用，再按 Close 關閉此選單
6. 選單 Data > Data set operations...
7. 點一開始的資料，用右鍵選單的 Hide 隱藏原始資料
8. 按 AS 自動調整大小（autoscale）

完成後會出現下圖，另外記得要調整橫軸與縱軸的說明文字

可以看到RMSD集中在 0.18~0.21 nm，也就是1.8~2.1 Å之間。
以上的操作方式參考《Grace tips and tricks》

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Xmgrace關閉autoscale後直接出圖

使用xmgrace在畫xy散佈圖的時候，他會自動根據裡面數值的分佈情形調整座標軸的範圍。但有時候要一次出許多圖片，希望能夠固定座標軸範圍的時候，可用下面的參數：

• xmgrace -autoscale none -world xmin ymin xmax ymax data.xvg
• xmgrace -autoscale x -world xmin ymin xmax ymax data.xvg
• xmgrace -autoscale y -world xmin ymin xmax ymax data.xvg

上面的xmin ymin xmax ymax是數字，代表座標軸的範圍，預設是 0 0 1 1。注意要這邊一定要用到-autoscale none（或是x y），不然xmgrace就不會理會設定好的座標軸範圍。以上參考handyfloss寫的《Disabling autoscale in a Xmgrace agr file》。

若要指定輸出的圖片的檔名，用 -printfile 這個參數，沒有指定會與data.xvg同檔名，只是副檔名不一樣；要直接輸出圖片而不預覽則用-hardcopy：

• xmgrace -printfile xxx.png data.xvg
• xmgrace -hardcopy data.xvg
• xmgrace -printfile xxx.png -hardcopy data.xvg

第一個指令指定印出來的檔名叫 xxx.png，但不會直接印而是會先預覽
第二個指令則是直接印出來，至於支援的圖片格式用 xmgrace -version 來看
第三個指令直接把 data.xvg 印到 xxx.png 這個檔案裡面而不再預覽

讓xmgrace預設出圖是PNG檔

xmgrace是套在X window上運行的grace，專門用來畫圖的古老軟體。分子模擬軟體GROMACS輸出的資料檔.xvg，可以直接用xmgrace開啟。此套軟體預設出圖會是印表機，但一般狀況下通常會想要輸出圖檔就好，這時候只要修改 ~/.grace/gracerc.user 這個檔案，加入：

HARDCOPY DEVICE "PNG"
DEVICE "PNG" DPI 300

這樣之後打開xmgrace點Print指令就會直接輸出解析度達300 dpi的PNG檔案。以上方法參考了Louic's weblog的文章《Some xmgrace tips》，更多的操作參考Grace Users's Guide (for Grace-5.1.22)。如果想要直接出圖，那就輸入下面的指令：

• xmgrace -nosafe -hardcopy your.xvg

直接根據 your.xvg 的資料生成一個叫做 your.png 的PNG圖檔。更多關於xmgrace batch file參考這個網頁

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