DRBL讓不同用戶使用不同的開機核心

《DRBL讓用戶端開機選擇特定系統核心》一文說明DRBL要如何所有機器用統一的新核心開機，但對於一套PC cluster裡面有著不同硬體架構的機器（拗口的名稱叫做「異質性分散式系統」），單一的核心很難滿足不同硬體架構的機器。

修正方式即是「客製化異質分散式系統核心」，也就是對於不同的機器編譯相對應的系統核心，讓每一台機器開機的時候自動去找自己對應的核心

DRBL的運算節點開機都是透過網路，故先把開機核心放到DRBL server上：

用mdadm做RAID-0（striping）

機器q141的硬碟壞掉了，原本兩個是做RAID-0。更換兩個硬碟上去後，用dmesg看分別是/dev/sda與/dev/sdb，下面是換上硬碟做RAID-0與xfs檔案系統的步驟：

1. 用fdisk與sfdisk分割硬碟，第1個分割區給swap，第2個分割區給RAID
2. 製作swap交換區
• mkswap /dev/sda /dev/sdb：製作swap
• swapon -a：開啟swap
• swapon --summary：看用在swap上面的硬碟分割區
3. 用mdadm做RAID-0（striping）
• mdadm -C /dev/md0 -l 0 -n 2 -c 8192 /dev/sd{a,b}2：製作RAID-0

打開HBA硬碟卡上面的指示燈LED

若硬碟裝在HBA卡上（參閱《硬碟用HBA（Host bus adapter）卡》），那故障的時候就無法用一般磁碟陣列卡的控制程式來顯示故障的硬碟。取而代之的方法是用第三方軟體來控制故障硬碟的指示燈。下面的指令教學使用：

1. dmesg -T
2. smartctl -a /dev/sdk
3. wget http://www.supermicro.com/support/faqs/data_lib/FAQ_9633_SAS2IRCU_Phase_5.0-5.00.00.00.zip && unzip FAQ_9633_SAS2IRCU_Phase_5.0-5.00.00.00.zip  && cd sas2ircu_linux_x86_rel/
4. ./sas2ircu --help
5. ./sas2ircu 0 DISPLAY
6. ./sas2ircu 0 locate 1:9 on
7. ./sas2ircu 0 locate 1:9 off

上述指令的意思是：

硬碟用HBA（Host bus adapter）卡

HBA卡與一般的磁碟陣列卡（RAID card）不同的地方在於，RAID卡上面的晶片可以直接做磁碟陣列的運算，而硬碟用的HBA卡只讓主機可接更多的硬碟但不做磁碟陣列運算

HBA卡的使用方式：

• 磁碟陣列為software RAID
• software RAID的運算要靠主機的CPU
• 可以直接用系統指令如hdparm, smartctl看硬碟狀態

Static GROMACS-4.6.7 with ORCA

編譯static GROMACS-4.6.7 in double precision with ORCA

• CMAKE version 3.10.2
• GCC 6.4.0

首先下載原始碼與測試檔案

• wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.6.7.tar.gz
• md5sum gromacs-4.6.7.tar.gz
  6d7f7113a39a9dbd91afec2237188d91  
• wget http://gerrit.gromacs.org/download/regressiontests-4.6.7.tar.gz
• md5sum regressiontests-4.6.7.tar.gz
  90c8ab2e538fa09aeb8210880913bbf3

接著用下面的方式編譯

GROMACS-2018.1配ORCA或Gaussian

要讓GROMACS-2018.1搭配ORCA與Gaussian來做QM/MM。關於環境變數、原始碼下載等等細節請參考：

• 安裝GROMACS-2018.1在Debian 7.7

一樣是用自己編譯的GCC 6.4.0，另外安裝的CMAKE 3.10.2
不一樣的地方是編譯時候的參數設定，編譯方式如下

安裝GROMACS-2018.1在Debian 7.7

將GROAMCS-2018.1安裝在Debian 7.7，而且把gmx執行檔做成fully static executable。在編譯的時候要注意兩點：

• Debian 7.7預設的GCC是4.7.2，但是GROMACS所需的gcc必須要4.8.1以上，而且必須要支援c++11 implementation，在這邊用的GCC是自行編譯的6.4.0
• Debian 7.7預設的cmake是2.8.9，但GROMACS必須要3.4.3以上，在這邊用的是CMAKE 3.10.2

安裝GROMACS-2018在Debian 7.7

將GROAMCS-2018安裝在Debian 7.7，而且把gmx執行檔做成fully static executable。在編譯的時候要注意兩點：

1. Debian 7.7預設的gcc是4.7.2，但是GROMACS必須要4.8.1以上，而且必須要支援c++11 implementation，在這邊用的是自行編譯的gcc 6.4.0
2. Debian 7.7預設的cmake是2.8.9，但GROMACS必須要3.4.3以上，在這邊用的是cmake 3.10.2