更新週期：奇數年Debian；偶數年Ubuntu

使用debian package兩個主要的Linux分支Debian與Ubuntu的釋出時間：

• 2024：Ubuntu 24.04 LTS (Noble Numbat) 2024/4/25, kernel-6.6
• 2023：Debian 12 (Bookworm) 2023/6/10, kernel-6.1
• 2022：Ubuntu 22.04 LTS (Jammy Jellyfish) 2022/4/21, kernel-5.15
• 2021：Debian 11 (Bullseye) 2021/8/24, kernel-5.10
  CentOS 9 Stream, 2021/12/3 with kernel-5.14.0
• 2020：Ubuntu 20.04 LTS (Focal Fossa) 2020/4/23, kernel-5.4

簡介TurnKey Linux軟體裝置

通常安裝Linux是為了要架站，提供一些服務。一種從頭開始的做法是手動安裝某套Linux distribution，像是Debian, Ubuntu, CentOS, Fedora, ...，再開始在上面安裝一系列的套件。例如說我要架動態網站，通常就會需要依序安裝下列的：

• Linux：最底層的作業系統
• Apache：提供網頁服務
• MariaDB：提供資料庫服務
• PHP/Python/Perl：寫動態網頁需要的程式語言

TurnKey Linux提供一套軟體裝置(Software Appliance)叫做LAMP Stack，使用者就不需要依據上述的順序安裝系統與多套服務，只要下載ISO檔或是VM檔，直接佈署使用。

azure-cli的指令az版本2.50.0有問題

在使用azure-cli的指令az的時候，七月初cloud shell將az自動更新到2.50.0版後下指令 az network dns zone list --resource-group YOUR_RESOURCE_GROUP 會出現錯誤訊息：

(InvalidResourceType) The resource type 'dnszones' could not be found in the namespace 'Microsoft.Network' for api version '2023-07-01-preview'. The supported api-versions are '2015-05-04-preview,2016-04-01,2017-09-01,2017-09-15-preview,2017-10-01,2018-03-01-preview,2018-05-01'.

Code: InvalidResourceType

Message: The resource type 'dnszones' could not be found in the namespace 'Microsoft.Network' for api version '2023-07-01-preview'. The supported api-versions are '2015-05-04-preview,2016-04-01,2017-09-01,2017-09-15-preview,2017-10-01,2018-03-01-preview,2018-05-01'.

據說下一個版本2.51.0會在2023/8/1發布。在這之前的只能用下面指令手動安裝舊版

Debian 8 (jessie)上可用的sources.list

Debian 8（jessie）現在已經是到了產品壽命結束（End-of-life, EOF）週期，所以 /etc/apt/sources.list 裡面的站台都已經停止jessie的套件維護。若不想要升級系統而繼續使用jessie，需要將 /etc/apt/sources.list 修改如下：

deb http://archive.debian.org/debian/ jessie main
deb-src http://archive.debian.org/debian/ jessie main 

deb http://security.debian.org jessie/updates main
deb-src http://security.debian.org jessie/updates main

完成之後執行下面的指令：

關閉Debian 11的睡眠、休眠等模式

最近安裝好的Debian 11 Bulleye開機一陣子就會睡著，睡著的狀態是電源燈會閃爍，硬碟燈全暗且螢幕沒有任何畫面。 推測睡著和系統設定有關。使用下面的指令來確認：

• systemctl status sleep.target suspend.target hibernate.target hybrid-sleep.target

若有看到下面的字樣，則代表系統有五花八門睡著的方式：

loaded (/lib/systemd/system/sleep.target; static)
loaded (/lib/systemd/system/suspend.target; static)
loaded (/lib/systemd/system/hibernate.target; static)
loaded (/lib/systemd/system/hybrid-sleep.target; static)

解決方法則是用下面指令關閉systemd上面會導致睡著的設定：

R套件安裝後存在系統上的位置

安裝在Linux上面的R，可用下面的指令來看library路徑：

• .libPaths()

在Debian裏面預設會顯示（前面的數字代表使用套件的順序、藍色代表在R環境下安裝、綠色代表在系統環境下安裝）：

• [1] "/home/使用者名稱/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1" 
• [2] "/usr/local/lib/R/site-library"
• [3] "/usr/lib/R/site-library"
• [4] "/usr/lib/R/library"

Debian 8完整安裝R所需之所有dpkg套件

在Debian或Ubuntu上最簡單安裝R的方式為apt安裝：

• sudo apt-get install r-base r-base-core r-base-html 

但這樣安裝，若是一些程式沒有先裝上去，那麼這個R就沒有完整的所有功能，像是順利的出jpeg, png的圖，或是讓Rstudio可以使用。以下為apt安裝r-base之前最好能夠先裝的所有軟體，請依照順序執行指令

安裝linux-fincore 1.3.0到Debian 8.8

在Linux上面要檢查某個檔案有冇被快取在記憶體上，可以用linux-fincore這個指令。但這指令沒有被APT給收錄，也找不到.deb包可以用dpkg安裝。下面介紹安裝過程

Step 1：下載source code，安裝編譯環境需要的套件

到Google Code Archive的linux-ftools，找到source後下載。

wget https://storage.googleapis.com/google-code-archive-source/v2/code.google.com/linux-ftools/source-archive.zip
mv source-archive.zip linux-ftools-1.3.0.zip
md5sum linux-ftools-1.3.0.zip

這邊算出來的md5 checksum是 ae142ebe7c1448d20ec42756d64adf08

在Ubuntu上修復apt損壞的套件

在Ubuntu或Debian這一類使用apt安裝軟體的系統上，有時候會出現錯誤訊息

• Unable to correct problems, you have held broken packages

這代表著套件系統裡面出現不一致的情況，解決方法是依序執行：

1. sudo apt --fix-missing update
2. sudo apt-get -f install

手動安裝可繪圖的R-3.5.1

先前《安裝R在指定資料夾》編譯出來的R沒辦法繪圖，這是因為R在編譯的時候沒有加入繪圖，且系統上面也不支援繪圖。下面的步驟介紹如何在Debian 7.7上安裝R-3.5.1到 /opt/R/3.5.1-with-x/ 這個資料夾：

Debian 7上可用的sources.list

Debian 7（wheezy）現在已經是到了產品壽命結束（End-of-life, EOF）週期，所以/etc/apt/sources.list裡面的站台幾乎都已經停止wheezy的套件維護。若不想要升級系統而繼續使用wheezy，那就在裡面加入這行讓apt-get指令還可繼續使用：

• deb http://archive.debian.org/debian/ wheezy main

參考資料

• Debian wheezy, update repository [duplicate]

_EOF_

/dev/shm/下面的檔案消失了

第一次遇到放在/dev/shm下面的資料會自動被系統刪除。根據《16.04 LTS and /dev/shm/ Files Disappearing》這篇裡面作者的自問自答，是systemd裡面的設定，會把未登入的使用者裡面與interprocess communication (IPC)相關的資料刪除。設定放在：

• /etc/systemd/logind.conf

修改裡面的參數成下面：

安裝R在指定資料夾

網路上面找的資料，關於安裝R幾乎都是用套件管理程式在。若要自己安裝不同版本的R在指定的資料夾，能夠找到的資料不多。以下介紹在Linux上安裝R-3.5.1到/opt/R/3.5.1下面（系統是Debian 7.7）

FAI.me：自訂Debian自動安裝光碟

Debian的全自動安裝FAI (Fully Automatic Installation)，這個計畫的網頁除了可以直接下載映像檔案，還可以自己決定想要安裝的光碟內容，請到：

• FAI.me / Build your own

可自訂要哪一種桌面環境（像是GNOME, plain text console, XFCE, LXDE, KDE, MATE, CINNAMON），也可以另外加入自己想要安裝的軟體

另外也可以裝FAI server，用PXE boot開機後，自動幫每一台機器安裝系統：

• FAI cluster installations
• Case Studies

甚至可以做出ARM硬體（像是96boards Hikey或Dragonboard 410C）的安裝映像檔

• Using FAI to build Live debian images for ARM developer boards

_EOF_

GROMACS-2018.1配ORCA或Gaussian

要讓GROMACS-2018.1搭配ORCA與Gaussian來做QM/MM。關於環境變數、原始碼下載等等細節請參考：

• 安裝GROMACS-2018.1在Debian 7.7

一樣是用自己編譯的GCC 6.4.0，另外安裝的CMAKE 3.10.2
不一樣的地方是編譯時候的參數設定，編譯方式如下

安裝GROMACS-2018.1在Debian 7.7

將GROAMCS-2018.1安裝在Debian 7.7，而且把gmx執行檔做成fully static executable。在編譯的時候要注意兩點：

• Debian 7.7預設的GCC是4.7.2，但是GROMACS所需的gcc必須要4.8.1以上，而且必須要支援c++11 implementation，在這邊用的GCC是自行編譯的6.4.0
• Debian 7.7預設的cmake是2.8.9，但GROMACS必須要3.4.3以上，在這邊用的是CMAKE 3.10.2

安裝GROMACS-2018在Debian 7.7

將GROAMCS-2018安裝在Debian 7.7，而且把gmx執行檔做成fully static executable。在編譯的時候要注意兩點：

1. Debian 7.7預設的gcc是4.7.2，但是GROMACS必須要4.8.1以上，而且必須要支援c++11 implementation，在這邊用的是自行編譯的gcc 6.4.0
2. Debian 7.7預設的cmake是2.8.9，但GROMACS必須要3.4.3以上，在這邊用的是cmake 3.10.2

用iptables做port redirection

要讓內網的機器可以透過對外部的機器從外面直接連線，例如說SSH

• 外部的機器IP位址：publicIP
• 內部的機器IP位址：privateIP

這時候希望透過下面的指令，直接連線到內部機器：

• ssh -p 9487 username@publicIP

安裝GROMACS-2018在Debian 8.8

參考《安裝GROMACS-2018在Ubuntu 16.04》，一樣是安裝GROMACS-2018，只是換在Debian 8.8上面且CUDA Toolkit版本為8.0，過程如下：

安裝CMake 3.10.2在Debian 8.8

從原始碼開始編譯軟體時，需要產生建構檔，例如說在UNIX-like系統上為Makefile。而CMake則是一套專門產生建構檔的程式。在Debian 8.8上，cmake的版本為3.0.2，但有些新的程式需要更高版本的cmake，例如說GROMACS-2018就要求cmake version ≥ 3.4.3。以下介紹如何安裝CMake：