與生物學相關的數字, BIONUMBERS

B10NUMB3R5是一個存放各種生物數字的網站，內容有：

• HOME：用關鍵字去搜尋找相關的生物數字
  例如說用"population size"，會查到各種與族群大小有關的數字
• Index：用關鍵字列出相關標題
  例如說"Oryza sativa"，會找到跟稻米相關的數字
• Book：根據主題去找相關的生物數字
  例如說"mutation rate during genome replication"介紹突變率
• About Us：介紹作者與其發表的論文
• Misc.：要下載這個資料庫來這邊找

計算核酸的濃度

現有一管single strand RNA (ssRNA)溶液1 mL，裡面的ssRNA重量是10 μg (microgram)，序列不知道但長度是41 nucleotides，計算此管ssRNA溶液的濃度：

• 重量濃度：10 μg / 1 mL = 10 * 10^-6 / 10^-3 g/L ＝ 10 * 10^-3 g/L = 10 mg/L

要計算體積莫耳濃度(molarity, M)，需要知道序列的分子量。如果序列已知又會寫Python程式可以參考這篇，不會寫程式的參考《DNA and RNA Molecular Weights and Conversions》，找到"Approximate M.W.'s of Nucleic Acids"這個段落：

• M.W. of ssRNA = (# nucleotides * 320.5) + 159.0 = (41 * 320.5) + 159.0 = 13299.5 g/mol = 13299.5 Daltons

上面公式是計算ssRNA分子量，如果是single-strand DNA或是double-strand DNA用：

• M.W. of ssDNA = (# nucleotides * 303.7) + 79.0
• M.W. of dsDNA = (# nucleotides * 607.4) + 157.9

有了分子量，可以用GraphPad的Molarity Calculator來計算體積莫耳濃度，或用下列公式手動作換算：

• 體積莫耳濃度：10 μg/mL = 10 mg/L = (10 mg/L) / (13299.5 g/mol)
  ≒ 0.0007519 mmol/L = 0.7519 μmol/L = 751.9 nmol/L = 751.9 nM  ≒ 0.75 μM

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所有甲型流感病毒的亞型

常聽到的H1N1, H5N1... 等等，是用來分別甲型流感病毒（Influenza A virus）的方式。

• H：Hemagglutinin (HA)，血球凝集素；目前共18種，命名成H1~H18
• N：Neuraminidase (NA)、神經氨酸酶；目前共11種 ，命名成N1~N11

所以總共會有18*11=198種可能的甲型流感病毒，用一行Bash指令通通列出來：

• for subtype in H{1..18}N{1..11}; do echo $subtype; done

在這些裡面，真正廣泛流傳在人類裡面只有三種H1N1、H1N2與H3N2（參考維基百科Human influenza virus一節），但並不是只有這三種才會感染人類，像是H2N2、H5N1、H7N7等等都會感染。

Multienzymes

Multienzyme指的是一個蛋白質，但擁有多個活性中心可以催化數個不同的化學反應（參閱G. P. Moss建議的名詞定義）。跟著這個定義出現下面三個名詞：

• Catalytic domain：multienzyme上可以執行催化反應的部分，可以由一個或是多個structural domain組成。
• Multienzyme complex：multienzyme的catalytic domains在多個polypeptide chains上面。
• Multienzyme polypeptide：此條polypeptide chain上面包含數個catalytic domains。

根據這個定義，一個protein complex只有一個catalytic domain，但此catalytic domain是由數個subunits的部分所組成的例子不可稱做為multienzyme。對於某一個enzyme上面的一個catalytic domain可以催化多種反映，也不可稱為multienzyme。此外，Multienzyme complex有可能由multienzyme polypeptide組成。

單鏈構形多態性（SSCP）

單鏈構形多態性：Single-Strand Conformation Polymorphism或是Single-Strand Chain Polymorphism，簡寫成SSCP，在1989年由Orita等人提出用以分離核酸的方法。原理是長度一樣的單鏈核酸因為序列不同而使得結構不同，因此可以被電泳給分別出來。圖解參考Lessa & Applebaum的示意圖；後來改良成為PCR-SSCP，實驗步驟與原理可參考這個網頁

這種方法有時候甚至兩條核酸只有一個核苷酸的差異也可以偵測出來。不過SSCP沒有定序給的資訊那麼多，因此現在已經多被定序給取代了。但由於此方法比較便宜，容易用在檢測上面。例如說會用在檢測病毒株之間的差異等等。PCR-SSCP也應用在畜產動物功能性基因的多型性分析上，像是牛、綿羊、豬還有雞等等，詳細請參考畜產試驗所鍾秀枝與林德育寫的《雞基因現況與利用》

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Selective sweep

國語：一人得道、雞犬升天 (參考教育部重編國語辭典修訂本)
台語：豬母肥、豬仔囝有肉 (參考台北市多媒體教學諮詢中心)
英文：Success is a relative term. It brings so many relatives. (參考愛給特)
約莫可以說明這種狀況～

在天擇之下，某個有利的突變會增加在擁有這個突變個體的適應性，因此會增加族群裡面的出現的頻率。這些突變附近的基因受益於這個有利的突變所以搭了順風車，也增加了在族群裡面出現的頻率。