關閉Debian 11的睡眠、休眠等模式

最近安裝好的Debian 11 Bulleye開機一陣子就會睡著，睡著的狀態是電源燈會閃爍，硬碟燈全暗且螢幕沒有任何畫面。 推測睡著和系統設定有關。使用下面的指令來確認：

• systemctl status sleep.target suspend.target hibernate.target hybrid-sleep.target

若有看到下面的字樣，則代表系統有五花八門睡著的方式：

loaded (/lib/systemd/system/sleep.target; static)
loaded (/lib/systemd/system/suspend.target; static)
loaded (/lib/systemd/system/hibernate.target; static)
loaded (/lib/systemd/system/hybrid-sleep.target; static)

解決方法則是用下面指令關閉systemd上面會導致睡著的設定：

Too many open files

程式跑到一半死掉惹，跳出了錯誤訊息：

• Too many open files

這時候要用ulimit這個指令來看開檔數目限制

1. ulimit -n
2. ulimit -Hn

第一個是軟限制，也就是超過這個值系統會出現警告訊息；第二個指令則是硬限制，系統不允許程式在跑的時候使用超過這個值的資源

手動安裝可繪圖的R-3.5.1

先前《安裝R在指定資料夾》編譯出來的R沒辦法繪圖，這是因為R在編譯的時候沒有加入繪圖，且系統上面也不支援繪圖。下面的步驟介紹如何在Debian 7.7上安裝R-3.5.1到 /opt/R/3.5.1-with-x/ 這個資料夾：

Debian 7上可用的sources.list

Debian 7（wheezy）現在已經是到了產品壽命結束（End-of-life, EOF）週期，所以/etc/apt/sources.list裡面的站台幾乎都已經停止wheezy的套件維護。若不想要升級系統而繼續使用wheezy，那就在裡面加入這行讓apt-get指令還可繼續使用：

• deb http://archive.debian.org/debian/ wheezy main

參考資料

• Debian wheezy, update repository [duplicate]

_EOF_

mount: unknown filesystem type 'ext4'

在DRBL客戶端的系統上有mkfs.ext4這個指令，分割區確認也是做成ext4，但是在掛載的時候出現標題所示之錯誤訊息：
    mount: unknown filesystem type 'ext4'

顯示硬碟某分割區的檔案系統

在還沒掛載硬碟（這邊以/dev/sda為例子）之前想要知道分割區（partition）的檔案系統（file system）是那一種，可以用下面兩個指令來做：

• sudo lsblk -f /dev/sda2
• sudo file -s /dev/sda

硬碟用HBA（Host bus adapter）卡

HBA卡與一般的磁碟陣列卡（RAID card）不同的地方在於，RAID卡上面的晶片可以直接做磁碟陣列的運算，而硬碟用的HBA卡只讓主機可接更多的硬碟但不做磁碟陣列運算

HBA卡的使用方式：

• 磁碟陣列為software RAID
• software RAID的運算要靠主機的CPU
• 可以直接用系統指令如hdparm, smartctl看硬碟狀態

安裝R在指定資料夾

網路上面找的資料，關於安裝R幾乎都是用套件管理程式在。若要自己安裝不同版本的R在指定的資料夾，能夠找到的資料不多。以下介紹在Linux上安裝R-3.5.1到/opt/R/3.5.1下面（系統是Debian 7.7）

DRBL的client上執行R出現錯誤

在DRBL的client上面執行R，出現了下面的錯誤訊息：

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: options(op.utils[toset])
  error: invalid value for 'editor'
In addition: Warning message:
package "methods" in options("defaultPackages") was not found 
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: options(op.utils[toset])
  error: invalid value for 'editor'
In addition: Warning message:
package 'utils' in options("defaultPackages") was not found 
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'utils', details:
  call: options(op.utils[toset])
  error: invalid value for 'editor'
In addition: Warning message:
package 'stats' in options("defaultPackages") was not found 
During startup - Warning messages:
1: package 'methods' in options("defaultPackages") was not found 
2: Setting LC_CTYPE failed, using "C" 

DRBL重新部署後NFS的exports設定

根據《DRBL企鵝龍重新佈署》，用下面指令重新部署clients：

• drblpush -c /etc/drbl/drblpush.conf

這時候要注意到，原本的/etc/exports會被更新。需要從舊的檔案/etc/exports.drblsave裡面撈出一些設定，放回更新後的/etc/exports裡面，再用下面的指令重新啟動：

• exportfs -auv   #關閉所有NFS服務
• exportfs -arv   #啟動所有NFS服務
• showmount -e    #檢查export的IP

_EOF_

Debian 7.11上編譯GCC 5.5.0

Debian 7.11 (wheezy)預設的GCC是4.7.2，這邊想要編譯GCC 5.5.0。參考《Installing GCC》一文建議的函式庫版本：

• GNU Multiple Precision Library (GMP) version 4.3.2 (or later)
• MPFR Library version 2.4.2 (or later)
• MPC Library version 0.8.1 (or later)

然後還要先安裝一些軟體：

• sudo apt-get install gcc-multilib
• sudo apt-get install autogen

接著依照下面的順序執行：

過磁碟陣列卡看硬碟SMART資訊

磁碟陣列卡可能是LSI SAS 9201-16i，MegaCli的版本是v8.07.10。使用下面的指令來看有什麼硬碟與其編號：

• megacli64 -pdlist -aall
• megacli64 -pdlist -aall | grep -e 'Enclosure Device ID' -e 'Slot Number' -e 'Device Id' -e 'Inquiry Data'
• megacli64 -pdlist -aall | grep 'Device Id'

上面最後一個指令可以看到Device Id，這樣才能夠用後面的smartctl來看硬碟的smart資訊

安裝GROMACS 4.6.7 static在Debian 7.11

在Debian 7.11上面安裝GROMACS dynamic linking版本請參考《Debian上安裝GROMACS 4.6》，若是要做static linking版本參考這篇

安裝GROMACS 4.6在Debian 7.8

在Debian上，將單精確度與雙精確度的GROMACS 安裝在同一個資料夾