讓GROMACS支援新的residue

GROMACS裡面想要增加carbamylated lysine這個residue（在這邊叫做KCX），參考《Adding a Residue to a Force Field》，總共需要下面幾個步驟：

1. 新增 /opt/local/share/gromacs/top/FORCEFIELD/kcx.rtp 這個檔案
2. 新增 /opt/local/share/gromacs/top/FORCEFIELD/kcx.hdb 這個檔案
3. 修改 /opt/local/share/gromacs/top/residuetypes.dat，加入KCX

這邊不需要像文件上面說明的那麼多步驟是因為沒有多增加什麼特別的原子。上面三個檔案的意思分別是：

1. 新的residue其原子的電荷分佈、還有連結的共價鍵等
2. 新的residue上面如何加入氫原子
3. 讓GROMACS支援新的residue

若要增加Ligand，請參考Justin Lemkul的《Protein-Ligand Complex》的說明

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