2016年6月10日 星期五

看GROMACS的binary files的內容

用GROMACS跑分子模擬時,許多檔案都會存成binary files(簡單說就是給機器讀的檔案、人沒辦法讀)。這些檔案包含了:
  • Portable xdr run input file:以 .tpr 結尾
  • Trajectory files:以 .xtc, .trr 結尾
  • Energy file:以 .edr 結尾
  • Checkpoint file:以 .cpt 結尾
  • Hessian matrix:以 .mtx 結尾

在GROMACS-5.1.2裡面,使用 gmx dump 這個指令,可以把binary files變成text files,這樣才能夠讀的懂內容。例如說下面的指令把 md.tpr 轉成 md.tpr.ascii:
  • gmx dump -s md.tpr > md.tpr.ascii
去讀 md.tpr.ascii 就可以看到裡面包含了分子模擬的設定,分子的結構等等資訊。
目前遇到的問題是可以把 md.tpr 這個binary file轉成ascii file,但是卻沒有辦法把這個檔案轉回去。這個檔案的結構是Portable XDR format,也許要去參考grompp這個指令的原始碼,看是如何轉檔案的...

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