2016年6月22日 星期三

儲存PyMOL的場景(Scene)

使用PyMOL將分子結構繪製完畢後,可以使用menu上面Scene的選單來儲存各種場景:
  • Scene > Store > F1:將場景儲存到F1
  • Scene > Recall > F1:顯示F1的場景,也可以直接按 F1 這顆按鈕來顯示
  • Scene > Clear > F1:將F1的場景刪除
若在看結構的時候嫌scene的按鈕太醜,可以用下面的指令關掉或打開
  • set scene_buttons, 0
  • set scene_buttons, 1
另外要重排某個場景的順序,可以用滑鼠右鍵拖放

由於Scene的選單只有 F1~F12 十二個選擇,且都會跟functional keys搭配;但直接用指令指派場景編號的話,可以用各種字串儲存而不被限定在 F1~F12 這12種編號裡面

以下是PyMOL其scene指令的使用方式:
  1. scene 001, store
  2. scene 002, store, Here is the description for scene 002.
  3. scene 3, store,
  4. scene 3, rename, new_key=003
  5. scene *
    screne: current order:
    001 002 003
  6. scene_order 002 003 001
  7. scene_order *, yes
  8. scene 003, recall; scene A, insert_before
  9. scene 003, recall; scene B, insert_after
  10. scene B, rename, new_key=004
  11. scene A, clear 
指令的意思如下:
  1. 儲存場景到 001 裡面
  2. 儲存場景 002,後面則是訊息文字
  3. 儲存場景 3
  4. 把場景 3 改名成為 003
  5. 顯示場景的順序
  6. 變更場景的順序為 002 003 001
  7. 將場景的順序依照名稱排序
  8. 在場景 003 前面插入新的場景 A
  9. 在場景 003 後面插入新的場景 B
  10. 將場景 B 改名叫做 004
  11. 將場景 A 刪除
當不同場景都依序排好之後,可以使用mset指令來做電影(Scenes as Movies)唷~

_EOF_

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