PyMOL用CE來對齊結構

用PyMOL在比較兩個蛋白質分子結構的時候，可以使用CE (Combinatorial extension) alignment來對齊結構，指令就叫做cealign，用pymolwiki上面的例子：

PyMOL> fetch 1c0mB 1bco, async=0
PyMOL> as ribbon
PyMOL> cealign 1bco, 1c0mB, object=aln
RMSD 4.958121 over 152 residues

第一行抓取兩個蛋白質1c0m與1bco

第二行讓者兩個分子只顯示C-alpha原子連起來的樣子

第三行做CE alignment，注意這邊會是以前面的1bco為準，移動後面的1c0m過去。最後顯示共對齊152個residues，其C-alpha原子在座標空間上的RMSD會是4.96 Å

若是在分子模擬的結果，同時載入幾百個隨時間而改變的結構，希望能夠通通對齊初始結構（假設叫做md_0ns），那可以用下面的指令一次排好：

• for x in cmd.get_names():  cmd.cealign("md_0ns", x)

第一行是根據整個結構做對齊。由於cealign的RMSD只會計算他有對到的部分，所以如果要算整個結構的C-alpha RMSD，必須要用 rms_cur 這個指令。最後用下面的指令一次直接幫所有結構著色：

• for x in cmd.get_names():  cmd.spectrum("count",selection=x,byres=1)

這樣就會顯示Ｎ端藍、Ｃ端紅，而且不用每個結構都重打一次指令

_EOF_