GROMACS續跑

跑分子模擬會有兩種狀況必須要續跑：一是跑到一半系統因為其他緣故關機，另外一種則是已經跑完但想要延長模擬的時間。在此用GROMACS-5.1.2為例子，說明如何續跑。

首先是最初跑模擬的指令，結構與設定都存在 md.tpr 這個檔案中，假設跑10 ns

• gmx mdrun -deffnm md -nt 8 -v 

參數 -deffnm md 意思是說，所有產生的檔案都用md開頭，像是 md.cpt與md_prev.cpt（checkpoint file）、md.xtc與md.trr （trajectory files）、md.edr（energy file）、md.gro（最終的結構）。參數 -nt 8 意思是用八個核心去跑，參數 -v 是碎念模式


第一種狀況：電腦因為其他原因把模擬的程式給關掉，假設只跑到7.7 ns

• gmx mdrun -deffnm md -cpi md.cpt -nt 8 -v -append

這時候要從7.7 ns開始續跑。檔案 md.cpt 是所謂的checkpoint file，一段時間系統會把狀態存在這個檔案裡面，有可能跳掉前存到7.5 ns。上面的指令就會去存取 checkpoint file，然後從存取的點開始繼續往後跑。參數 -append 指定續跑的資料要附加在原本的檔案後面。
¡¡ 注意：這邊一定要指定checkpoint file，不然就是直接從頭開始跑 !!


第二種狀況：已經跑完10 ns的模擬了，想要續跑到20 ns

• gmx convert-tpr -s md.tpr -until 20000 -o md_10_20.tpr
• gmx mdrun -deffnm md_10_20 -cpi md.cpt -nt 8 -v 
• gmx trjcat -f md.xtc md_10_20.xtc -o md_20ns.xtc

第一個指令是產生跑模擬的設定檔，設定要跑到20 ns（= 20000 ps）；第二個指令則是要求從前面跑出來的檢查檔 md.cpt，也就是10 ns開始跑。兩個指令就是要求續跑 10 - 20 ns。最後一個指令則是將前面兩個trajectories給連結起來，成為一個完整的 0 - 20 ns的檔案。

第二種狀況也可以用下面的方法來跑：

• gmx convert-tpr -s md.tpr -until 20000 -o md.tpr
• gmx mdrun -deffnm md -cpi md.cpt -nt 8 -v -append

這樣就不會出現很多個片段。要注意第一個指令會把舊的 md.tpr 更改 nsteps 這個參數後，然後整個覆蓋過去，還有 md.log 檔案，前面的記錄"MEGA-FLOPS ACCOUNTING"這個部分會被蓋掉。這樣做的好處是不會重複出現一堆trajectories的片段，所以也就不需要再用trjcat來連結這些檔案。

2016-Jun-29 新增如何連結trajectories

第二種狀況的第一種方法裡面會產生許多trajectories。使用trjcat將這些檔案連結在一起

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