在PyMOL中將分子移動到原點

用PyMOL開啟分子後，分子不一定會放在原點上。以下以crambin為例子，把一個結構放到原點上：

1. fetch 1crn
2. run mv2origin.py; mv2origin 1crn
3. run axes.py; axes

第1步：抓crambin的分子
第2步：把分子放到原點
第3步：畫出XYZ的座標軸，驗證分子真的被放到原點上

以下是mv2origin.py的程式碼：

from pymol import cmd
from pymol.cgo import *

def mv2origin(selection):
    """
    Move the molecule to the origin
    """
    ## assumes equal weights 
    model = cmd.get_model(selection+' and name ca')
    x,y,z = 0,0,0
    for a in model.atom:
        x+= a.coord[0]
        y+= a.coord[1]
        z+= a.coord[2]
    x = x/len(model.atom)
    y = y/len(model.atom)
    z = z/len(model.atom)
    cmd.translate([-1*x, -1*y, -1*z], selection, camera=0)
    cmd.orient("visible",animate=-1)

cmd.extend('mv2origin', mv2origin)

_EOF_