GROMACS直接給指令選項

用GROMACS的指令時，有些會是交談式的環境，也就是指令執行後還要手動輸入一些要求的選項：例如說將trajectory轉檔的指令trjconv需要決定要選哪些atom group、或是計算RMSD的指令rms則需要決定做least-squre fitting的atom group與拿來算RMSD的atom group。一開始如果已經知道要選哪個group的話，那直接下：

• echo 1 | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md.xtc_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact
• printf "4\n4\n" | gmx rms -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -tu ns -o rmsd.xvg

第一個指令選的atom group是 1 (Protein)

第二個指令選least-square fitting與算RMSD的atom group都是 4 (Backbone)

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