GROMACS-5.1.2指令列表

首先要先告訴系統GROMACS安裝在哪邊
$ source /pkg/gromacs-5.1.2/bin/GMXRC

用gmx看安裝了哪些東西
$ gmx 後面按tab
Display all 101 possibilities? (y or n)
anadock            editconf           mk_angndx          sasa 
anaeig             eneconv            morph              saxs 
analyze            enemat             msd                select 
angle              energy             -nice              sham 
bar                filter             nmeig              sigeps 
bundle             freevolume         nmens              solvate 
check              gangle             nmtraj             sorient 
chi                genconf            -nobackup          spatial 
cluster            genion             -nocopyright       spol 
clustsize          genrestr           order              tcaf 
confrms            grompp             pairdist           traj 
convert-tpr        gyrate             pdb2gmx            trjcat 
covar              -h                 pme_error          trjconv 
current            h2order            polystat           trjorder 
density            hbond              potential          tune_pme 
densmap            helix              principal          vanhove 
densorder          helixorient        -quiet             velacc 
dielectric         help               rama               -version 
dipoles            hydorder           rdf                view 
disre              insert-molecules   rms                wham 
distance           lie                rmsdist            wheel 
do_dssp            make_edi           rmsf               x2top 
dos                make_ndx           rotacf             xpm2ps 
dump               mdmat              rotmat             
dyecoupl           mdrun              saltbr             
dyndom             mindist            sans

所有執行的程式現在都由gmx控制：

gmx [-[no]h] [-[no]quiet] [-[no]version] [-[no]copyright] [-nice <int>] [-[no]backup]

_EOF_