GROMACS畫二級結構隨時間的變化

GROMACS可以分析一個trajectory，根據每個時間點的結構用DSSP畫出二級結構隨時間變化的圖，指令如下：

• export DSSP=/yourlocation/bin/dsspcmbi：指定系統中DSSP程式
• echo 1 | gmx do_dssp -ver 1 -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -tu ns -dt 1 -o dssp.xpm
• gmx xpm2ps -f dssp.xpm -o dssp.eps：把xpm（X PixMap compatible matrix file）轉成eps
• pstopdf dssp.eps：把eps（postscript format）轉成PDF格式，pstopdf是Mac的指令

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