原來的肽聚糖其胜肽末端拿來連結的部分是D-alanine-D-alanine peptide,這個部分是由D-alanine-D-alanine ligase來負責;細菌現在產生另外一種叫做VanA的蛋白質,本質是D-alanyl-D-lacate ligase,也就是說會把原來胜肽末端不加入alanine而是加入lactate group。由於末端變得不一樣,萬古黴素就沒辦法包住末端阻止肽聚糖的細胞壁生成。相關的細節請參考PDB-101的文章《Vancomycin》。下圖是VanA與D-alanyl-D-lacate ligase,可以看到兩者的結構其實很相像
VanA (top) and D-alanyl-D-lacate Ligase (bottom) |
此圖片是用PyMOL生成,下載完兩個結構以後,使用cealign先把結構對齊
cealign 2dln, 1e4eA
然後使用Grid mode讓兩個蛋白質結構在左右,可以同時轉動
set grid_mode, 1
最後讓結構用緞帶方式顯示並根據二級結構上色。
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