PyMOL安裝在蘋果電腦上

PyMOL是套用來看分子結構（主要是蛋白質與DNA）的開源(open source)軟體。最新的版本需要付錢才能夠使用，但是舊版的則可以免費安裝。

免費安裝版

依序執行下面四個步驟

1. 安裝Macports，請參考這個網頁的說明
2. 安裝XQuartz，免費程式在這邊下載
3. 開啟終端機(Terminal)，直接執行 sudo port install pymol
4. 在終端機下輸入 pymol &

執行時會跳出兩個視窗，一個是操作面板、另外一個則用來畫分子結構。更多的安裝方式（像是fink, homebrew等等）請參考pymol wiki上的《MAC Install》

付費安裝版

由於PyMOL是與python綁定的軟體，因此可以使用系統上預設的python，或是使用PyMOL內建的python。在蘋果電腦上刻畫視窗可以用系統預設的，或是使用X11視窗（由XQuartz提供），因此總共會有三種版本可以下載，以1.8.0.5為例子

• MacPyMOL-v1.8.0.5.dmg：用OS X的視窗，搭配PyMOL自己本身的python
• MacPyMOL-v1.8.0.5-syspython.dmg：用OS X的視窗，搭配OS X的python
• pymol-v1.8.0.5-Darwin-x86_64.tar.gz：用X11的視窗

第一種安裝所佔空間完約莫302MB，第二種則是107MB，第三種則是64MB。

前面兩者安裝只要點開dmg，把程式拖到應用程式資料夾下面，點兩下執行即可。第三種則是要解開到自己想要存放的目錄下面（例如說這邊存放到/pkg/下面），執行 /pkg/pymol-v1.8.0.5-Darwin-x86_64/bin/pymol & 執行時的視窗會像免費安裝版。

2016-Mar-21 解決Macports安裝遇到的問題

使用Macports安裝的時候，會因為tcl與tk在安裝時的一些設定導致不能夠安裝，錯誤訊息如下：
Error: org.macports.archivefetch for port pymol returned: tcl must be installed without +corefoundation.
Error: org.macports.archivefetch for port pymol returned: tk must be installed without +quartz.

解決方式則是重新安裝這tcl與tk
$ sudo port install tcl -corefoundation
$ sudo port install tk -quartz

檢查Macports安裝的tcl與tk
$ port installed | grep -e 'tcl' -e 'tk'
  tcl @8.6.4_0+corefoundation+threads
  tcl @8.6.4_0+threads (active)
  tk @8.6.4_0+quartz

  tk @8.6.4_0+x11 (active)

上面粗體的文字就是重新安裝的版本，確認後重新安裝pymol
$ port installed pymol

這樣應該就可以解決Macports無法安裝pymol的問題

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