VanX，輔助VanA對付萬古黴素

前篇提到VanA把一般肽聚糖末端加上lactate group，讓萬古黴素無法辨認。那對於已經做出來末端是D-alanine-D-alanine的肽聚糖，則可以先由VanX（這是一種amino-dipeptidase）把末端的D-alanine-D-alanine dipeptide給切掉，這樣VanA就可以加入用lactate group修改的末端。詳細請參考《Vancomycin》最下面的Topics for Further Discussion。在此用蛋白質資料庫上面E. coli的VanX結晶結構、編號是1R44來畫出下圖

VanX, a zinc-dependent D-alanyl-D-alanine dipeptidase

這些都是VanX，只是PyMOL用不同的方式呈現，最後用grid mode呈現。以下分別說明

• 左上表現法一般叫做trace，但在PyMOL裡面叫ribbon（這邊有設定粗細 set ribbon_radius, 0.5），上色則是從N端開始依序藍綠黃橙紅上色到C端
• 右上叫做ball-and-stick，上色則是根據原子的型態決定。注意這邊每個原子都是用同樣大小的小球表示，所以這不是sphere表現法
• 中左表現法在PyMOL稱為B factor putty，上色是根據B-factor（或者稱為Debye-Waller factor），線徑粗細也是根據B-factor來決定
• 中右一般稱之為ribbon，但在PyMOL裡面則是叫cartoon。上色則是根據蛋白質的二級結構依照紅色是alpha helix、黃色是beta sheet、綠色則是coil來上色，可以參考這篇文章。
• 左下表現法叫做mesh，如果不要用得太密的話，可以透過去看到裡面的原子。應該是以前的畫圖方式，現在通常都是直接畫surface加上讓他半透明就能夠達到更好的效果
• 右下表下法稱為surface，意思就是畫出表面。表面的顏色則是根據Vacuum electrostatics的高低來畫，帶正電的會給藍色，帶負電的會給紅色

不同的表現方式可以提供不同的資訊。比如說左上方可以很快知道這個蛋白質如何纏繞；中左圖能夠知道哪個部分蛋白質的熱擾動比較大；中右則是看出來是由哪些二級結構組成，可能會分類在SCOP的哪一類；左下圖可以看表面凹凸狀況，此例中可以看到中間有個洞；右下圖則估計表面的帶電性等等。更多的表現法可以用打開PyMOL後從

• 選單 > Wizard > Demo > Presentation 

使用Grid mode的好處是可同時看與轉動這些分子，對於了解結構很有幫助

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