PyMOL新增menu上面的選項

PyMOL是個以Python為底寫出來的分子結構顯示軟體，加上他又是開源軟體，因此可以依照自己意思任意在選單裡面增加想要的項目。例如說從右邊的選單依序點選

• A > preset > pretty

蛋白質分子就會以緞帶的方式顯示，顏色則是用彩虹方式表示，從紅色（Ｃ端）到深藍色從（Ｎ端）。現在希望加入一項功能，一樣是用緞帶方式表示結構，但顏色則是根據二級結構：紅色是alpha helix、黃色是beta sheet、綠色則是coil。操作方式則是變成依序點選

• A > preset > pretty (2nd structure)

這邊修改的PyMOL是Mac版本。首先，先到MacPyMOL的資料夾裡面
$ cd /Applications/MacPyMOL.app/Contents/pymol/modules

由於我們不知道preset這個選項會在哪個檔案裡面，所以用find搭配grep
$ grep -i 'preset' `find ./ -name "*.py" -print`

從螢幕上回傳的資料可以知道有preset這個關鍵字的檔案有menu.py與preset.py，前面那個檔案用來放置選單（This module defines the menus and their built-in commands），後面的檔案則是指定preset動作（參考pymol wiki的Preset）。

修改menu.py

找到下面這一行（約莫在721行）

              [ 1, 'pretty ', 'preset.pretty("'+sele+'",_self=cmd)'          ],

在這一行後面新增加一行，意思是說多增加一個叫做sspretty的按鈕

              [ 1, 'pretty (2nd structure)', 'preset.sspretty("'+sele+'",_self=cmd)'          ],

修改preset.py

找到下面這一行（約莫在323行）

pretty_no_solv = pretty

在這一行的下面新增下面的程式碼

def sspretty(selection,_self=cmd):

    cmd=_self

    pretty_solv(selection,_self)

    s, selection = get_sname_oname_dname(selection, _self=_self)[:2]

    cmd.hide("nb_spheres","("+s+" and "+lig_sele+"|resn HOH+WAT+H2O)")

    util.cbss(s+" and not "+lig_sele,"red","yellow","green",_self=cmd)

    cmd.delete(s)

都完成後，儲存menu.py與preset.py。關閉MacPyMOL，重新啟動MacPyMOL，這個時候在右邊的選單就多出了剛剛指定功能的按鈕了。猜測Linux版本的PyMOL應該也可以用相同的方式去修改吧。

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