Vancomycin presented by ball-and-stick model |
肽聚糖是由許多醣類長鍊中間由短片段的胜肽交互連結所組成,而萬古黴素會連到胜肽(D-alanine-D-alanine peptide)的末端而阻止其連結,造成肽聚糖無法正常的生成。由於革蘭氏陽性菌的外層細胞壁(見此圖)是肽聚糖,萬古霉素會造成其外層細胞壁無法生成,從而導致細菌無法生存。更多詳細說明請參照PDB-101上的文章《Vancomycin》。
上面的分子圖是由PyMOL生成,下面是詳細的PyMOL指令。
開啟PyMOL後,下載分子檔案,把水分子移除
fetch 1sho, async=0
cmd.remove("(solvent and (1sho))")
這個結構有兩個萬古霉素分子,在此只顯示其中一個
split_chains 1sho
cmd.disable('1shoB')
cmd.select('sele',"((((sele) or ((1shoA`100))) and not ((((1shoA`100))) and (sele))))",enable=1)
cmd.hide("everything","sele")
轉到一個比較好看的角度
上面的分子圖是由PyMOL生成,下面是詳細的PyMOL指令。
開啟PyMOL後,下載分子檔案,把水分子移除
fetch 1sho, async=0
cmd.remove("(solvent and (1sho))")
這個結構有兩個萬古霉素分子,在此只顯示其中一個
split_chains 1sho
cmd.disable('1shoB')
cmd.select('sele',"((((sele) or ((1shoA`100))) and not ((((1shoA`100))) and (sele))))",enable=1)
cmd.hide("everything","sele")
轉到一個比較好看的角度
set_view (\
_ 0.380222142, 0.484013945, 0.788137376,\
_ 0.638036489, -0.754172027, 0.155345514,\
_ 0.669577837, 0.443793744, -0.595568180,\
_ -0.000026021, -0.000001710, -50.738864899,\
_ 11.803276062, 4.565389633, 2.543827057,\
_ 37.787723541, 63.690414429, -20.000000000 )設定畫圖的參數,參考pymol wiki圖庫的Stylized Ball and Stick
hide everything
show sticks
show spheres
set stick_radius, .07
set sphere_scale, .18
set sphere_scale, .13, elem H
set bg_rgb=[1, 1, 1]
set stick_quality, 50
set sphere_quality, 4
color gray85, elem C
color red, elem O
color slate, elem N
color gray98, elem H
set stick_color, black
set ray_trace_mode, 1
set ray_texture, 2
set antialias, 3
set ambient, 0.5
set spec_count, 5
set shininess, 50
set specular, 1
set reflect, .1
set dash_gap, 0
set dash_color, black
set dash_gap, .15
set dash_length, .05
set dash_round_ends, 0
set dash_radius, .05
python
preset.ball_and_stick("vis")
python end
util.performance(0)
rebuild
ray
最後就是把圖片匯出成PNG檔案,得到了一個萬古霉素分子
_EOF_
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