《浪子回頭》

茄子蛋EggPlantEgg - 浪子回頭, 4m50s

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用ggplot2畫盒鬚圖（boxplot）

下圖是用ggplot2這個套件來畫boxplot

2018年中超級電腦前五名

2018年六月底，超級電腦排名Top500終於更新了最新排名，前五名如下：

1. Summit：美國能源部橡樹嶺實驗室
• 算力122.3 PFLOPS，耗電量8,806 kW ≈ 8.8 MW
• 計算節點4,356個，使用IBM Power9 22-core@3.07GHz
• 每個node配六張NVIDIA Tesla V100 GPUs
• 網路部分則是使用Mellanox dual-rail EDR InfiniBand network

安裝GROMACS-2018.1在Ubuntu 16.04

GROMACS 2018出了更新版2018.1，參考《安裝GROMACS-2018在Ubuntu 16.04》，這邊是安裝gmx2018.1到Ubuntu 16.04上，使用cuda-9.1來加速。以下是安裝紀錄

安裝GROMACS-2018.1在Debian 8.8

參考《安裝GROMACS-2018在Debian 8.8》。安裝的詳細指令如下

Bash一行文：if-else變形

例如說想要看/etc/redhat-release的內容，但如果這檔案不存在，那就看/etc/os-release來檢查作業系統的版本，那麼只要用下面的指令：

• [ -f /etc/redhat-release ] && cat /etc/redhat-release || cat /etc/os-release

《サヨンの鐘》

サヨンの鐘 【莎韻之鐘】歌詞入り, 6m3s

《残酷な天使のテーゼ》

殘酷天使的行動綱領，新世紀福音戰士的主題曲
「残酷な天使のテーゼ」MUSIC VIDEO（HDver.）/Zankoku na Tenshi no Te-ze“The Cruel Angel's Thesis”, 4m3s，1080p

設定SSH client不用密碼、只用金鑰登入

在使用SSH在遠端機器執行指令，若是不想要用密碼，可以選用金鑰。強迫SSH client關閉密碼而只用金鑰登入執行職令，那要用到下面的參數：

• ssh -o PasswordAuthentication=no RemoteIP Command

這樣就可以強迫SSH client不用密碼、只用金鑰登入遠端主機執行Command指令

參考資料

• SSH遠端登入不用密碼
• 讓SSH僅允許用金鑰登入：這篇是在SSH Server上面的設定
• ssh public key only login - authentication

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讓Mac的Dock不會跳到別的視窗

在使用外接螢幕的時候，若滑鼠不小心指到螢幕的下方，那麼Mac的Dock（也就是應用程式icon所在的那一排）就會跳到這個螢幕下方。要固定讓Dock不要亂跳的解法如下：

• System Preferences > Mission Control 
• 關掉 Displays have separate Spaces

PyMOL做突變（mutagenesis）

要用做實驗得到一個有突變的蛋白質結構很困難，但用PyMOL直接改則很簡單。使用PyMOL的圖形介面做突變方法如下：

1. 選單 > Wizard > Mutagenesis
2. 選一個residue
3. 點No Mutation > 想要突變的residue type
4. 用方向鍵選擇不同的rotamer，找到比較好的side-chain rotation
5. 重複2, 3，在不同位點上面做突變
6. 按Apply、然後按Done

注意這種做法做出來的結構，是基於突變對於整體結構沒有影響的假設

用awk根據pattern擷取文字檔案片段

一個文字檔案textFile，想要看從start pattern開始到最後的一行：

• awk '/start pattern/,0'

上面的/start pattern/,0是個範圍描述，代表說從看到start pattern開始，結束也要是為真的描述，但因為0永遠都不會為真，所以會印到最後一行。因此，如果是要看從start pattern到stop pattern之間的內容，那麼指令如下：

• awk '/start pattern/,/stop pattern/'

GROMACS移除trajectory的PBC

使用GROMACS跑分子模擬後，可能因為設定PBC (Periodic Boundary Conditions)，結構某些部分跑到格子外面。在輸出結構的時候，移除PBC的方法如下：

1. printf "1\n1\n" | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc \
   -pbc mol -ur compact -o md_noPBC.xtc
2. printf "1\n1\n" | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc \
   -pbc nojump -center -o md_noPBC.xtc
3. printf "22\n22\n" | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc \
   -n index.ndx -pbc cluster -fit translation -o md_noPBC.xtc

前面兩個適用在沒有ligand的狀況時，只輸出protein本身結構。第3個指令則是在有ligand的時候，需要同時輸出protein + ligand結構，這時候必須要先用make_ndx的指令（參考GROMACS選取某些原子成為一群），先把兩者放在一個group中，然後再輸出。

注意，在計算RMSD的時候，必須要先把結構的PBC移除，不然會得到錯誤的答案。詳細作法參考《GROMACS用RMSD估計構型變化》

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用rsync同步本地與遠端的資料夾

要備份本機端資料夾到遠端機器，參考《用rsync過ssh tunnel來備份》。這件事情可以想像成把本機端的資料給推（push）到遠端的機器。

若要將本機端某資料夾與遠端機器的資料夾同步，那麼除了把本機的資料推（push）到遠端以外，還要將遠端的資料給拉（pull）回本機端，指令如下：

1. LocalDir=/home/localUser/localDir/  注意最後面有斜線
2. RemoteIP=遠端機器的IP位址
3. RemoteUser=遠端機器的使用者名稱
4. RemoteDir=/home/remoteUser/remoteDir/ 注意最後面有斜線
5. rsync -Cavuhtz -e ssh ${LocalDir} ${RemoteUser}@${RemoteIP}:${RemoteDir}
6. rsync -Cavuhtz -e ssh ${RemoteUser}@${RemoteIP}:${RemoteDir} ${LocalDir}

Mac上安裝Node.js與npm

Node.js是一套在本機端運行JavaScript的執行環境。安裝時先下載：

1. 從Node.JS的官方下載node套件
2. 點開node-v8.11.2.pkg（建議選LTS版本）
• Node.js v8.11.2 to /usr/local/bin/node
• npm v5.6.0 to /usr/local/bin/npm

上面的兩個程式的功用：

• node：Server-side JavaScript runtime，讓機器可以跑JavaScript
• npm：Node.js的套件管理器，安裝JavaScript寫好的套件

《Without Me》

Eminem - Without Me, 4m59s

這首歌被配在許多影片裡面，蠻有趣的

《Lose Yourself》

Eminem - Lose Yourself [HD], 5m23s

Mac上安裝go語言編譯器

Mac預設不會安裝go語言的編譯器，下面介紹如何用MacPorts來安裝：

1. sudo port install go-1.4
2. find /opt/local -name "go" -print
   找一下go編譯器被放到哪裡
3. /opt/local/lib/go-1.4/bin/go
   顯示一下這個編譯器
4. alias go='/opt/local/lib/go-1.4/bin/go'
   之後只要打go就可以直接跑go編譯器

Top500.org 超級電腦前500名

TOP 500是一個專門比較超級電腦的網站，網站主要分頁有：

• HOME：介紹一些新的硬體與近期超級電腦相關的活動
• NEWS：新聞，文字與音訊報導
• In Deep News：深入報導
• This Week in HPC： 每周報導，音訊檔
• LISTS：從1993到2017年的列表，一年兩次六月與十一月。最近一次的評比是2017年十一月，可以在這邊下載列表
• Green 500：Top500裡面最省電的超級電腦
• SCC list：Student Cluster Competition
  給學生玩的計畫，總計不能夠超過3kW

用rsync過ssh tunnel來備份

要遠端備份一個資料夾，且一段時間後只更新更動過的檔案，可以使用rsync並透過ssh讓資料傳輸個過程中被加密。假設備份是從本地端（local）到遠端（remote）指令如下：

1. RemoteIP=遠端的IP位址
2. RemoteUser=遠端的使用者名稱
3. RemoteDir=/home/remoteUser/Remote/  (遠端放置備份的資料夾)
4. LocalDir=/home/localUser/Local/ (本地端要備份的資料夾)
5. rsync -Cavuhtz -e "ssh -p 8964" ${LocalDir} ${RemoteUser}@${RemoteIP}:${RemoteDir}

第五個指令意思是把本地端的資料夾${LocalDir}，在遠端透過使用者${RemoteUser}經由IP位址${RemoteIP}登入後，放置到遠端的資料夾${RemoteDir}中。
簡單說就是把/home/localUser/Local備份到/home/remoteUser/Remote，上面第3和第4個指令在指定資料夾的時候，最後面會放入斜線

《I Need A Doctor》

Dr. Dre - I Need A Doctor (Explicit) ft. Eminem, Skylar Grey, 7m36s

影片前面是故事，從2m44s開始是音樂

《Numb Encore》

Linkin Park feat. Jay-Z - Numb/Encore (Collision Course 2004), 4m4s

歌曲從33s開始