2018年6月20日 星期三

PyMOL做突變(mutagenesis)

要用做實驗得到一個有突變的蛋白質結構很困難,但用PyMOL直接改則很簡單。使用PyMOL的圖形介面做突變方法如下:
  1. 選單 > Wizard > Mutagenesis
  2. 選一個residue
  3. 點No Mutation > 想要突變的residue type
  4. 用方向鍵選擇不同的rotamer,找到比較好的side-chain rotation
  5. 重複2, 3,在不同位點上面做突變
  6. 按Apply、然後按Done
注意這種做法做出來的結構,是基於突變對於整體結構沒有影響的假設

另外一個作法是用PyMOL的指令,依序執行:
  1. cmd.wizard("mutagenesis")
  2. cmd.do("refresh_wizard")
  3. cmd.get_wizard().do_select("/3FA0///96")
  4. cmd.get_wizard().set_mode("HIS")
  5. cmd.get_wizard().apply()
  6. cmd.set_wizard("done")
上面的指令代表對3FA0結構的第96個residue突變成HIS
指令的部分參考了Proka pymol script

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