GROMACS選取某些原子成為一群

在分析分子模擬產生的軌跡檔（trajectory file）時，有時候只會想要看某幾個特定原子在結構上面相對的位置，這時候就必須要自己選取感興趣的原子。在GROMACS-5.1.2裡面用下面的指令：

• gmx make_ndx -f md.tpr -o md.ndx

檔案md.tpr是跑模擬時會用到的輸入檔案，包含了模擬的設定、每個原子的座標軸等等（讀取這些設定參考《看GROMACS的binary files的內容》）；檔案md.ndx則是設定完成後儲存的index file。上述指令輸入後，會進入make_ndx這隻程式的交談式環境中，首先會跳出目前儲存在md.tpr裡面的不同原子組成的群：

• System：整個系統裡面所有的原子
• Protein：系統內組成蛋白質的原子
• Protein-H：組成的蛋白質的原子，除了H atom以外
• C-alpha：蛋白質主鏈上的C-alpha atom
• Backbone：應該蛋白質主鏈上的N、C-alpha、C這三個原子
• MainChain：應該是蛋白質主鏈上的所有原子
• MainChain+Cb：上面的再加上C-beta atom
• MainChain+H
• SideChain：組成蛋白質支鏈上的原子    
• SideChain-H：組成蛋白質支鏈上的原子，除了H atom以外
• Prot-Masses      
• non-Protein       
• Other                   
• Water：水分子     
• SOL：溶液分子，通常就是水分子        
• non-Water  
• Ion：系統中的離子                  
• Water_and_ions：水與離子

大約會有上面這幾群，要注意-H的意思是減掉H atom。

下面舉例如何在make_ndx這隻程式的交談式環境中選取原子：

1. 2 | 4 & r 3-5
2. a C* & !a C CA
3. "protein" & ! "backb"
4. name 20 urGroupName
5. r 94 96 119 198 199 62 67 & "C-alpha"
6. h
7. q

上面指令的意思是：

1. 選取group 2與4，且residue numbers是3或4或 5
2. 選取原子名稱開頭是C，但不是C也不是CA
3. 選取在protein這群內，但不在backbone這群內的所有原子
4. 將第20群命名為 urGroupName
5. 第94 96 119 198 199 62 67這幾個residues的C-alpha atoms
6. 螢幕顯示make_ndx的操作手冊
7. 儲存後離開

都做完以後，可以比對md.ndx與md.gro這兩個檔案，驗證選取沒有錯誤。這兩個檔案是以原子作為單位來分群的，所以要看的每個原子各自的編號。若是想要從先前已經做好的index檔案開始來繼續分群，一開始的指令會變成：

• gmx make_ndx -f md.tpr -n md.ndx -o md.ndx2

這樣就會讀取md.ndx的分群，編輯後儲存在md.ndx2。

_EOF_