安裝GROMACS-2018在Debian 8.8

參考《安裝GROMACS-2018在Ubuntu 16.04》，一樣是安裝GROMACS-2018，只是換在Debian 8.8上面且CUDA Toolkit版本為8.0，過程如下：

• gcc --version
  gcc (Debian 4.9.2-10) 4.9.2
• /pkg/cmake-3.10.2-Linux-x86_64/bin/cmake --version
  cmake version 3.10.2
• nvcc --version | grep release
  Cuda compilation tools, release 8.0, V8.0.61

系統預設CMake是3.0.2，需要3.4.3以上才能夠編譯，參考《安裝CMake 3.10.2在Debian 8.8》安裝新版本的CMake。

確認完環境之後，下載GROMACS-2018的原始碼：

1. wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2018.tar.gz
2. md5sum gromacs-2018.tar.gz
   6467ffb1575b8271548a13abfba6374c  gromacs-2018.tar.gz
3. tar zxf gromacs-2018.tar.gz

編譯與安裝包含CUDA加速的單精確度（single precision）版本：

1. mkdir build.single && cd build.single
2. /pkg/cmake-3.10.2-Linux-x86_64/bin/cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx2018-cuda80 \
   -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
   -DGMX_GPU=ON \
   -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0.61_375.26 \
   -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF
3. make -j 40 && sudo make install

編譯與安裝不含CUDA加速雙精確度（double precision）版本：

1. cd .. && mkdir build.double && cd build.double
2. /pkg/cmake-3.10.2-Linux-x86_64/bin/cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx2018-cuda80 \
   -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
   -DGMX_DOUBLE=ON \
   -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=ON \
   -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF
3. make -j 40 && sudo make install

測試安裝的結果：

1. wget http://gerrit.gromacs.org/download/regressiontests-2018.tar.gz
2. md5sum regressiontests-2018.tar.gz
   5a609bea6b6777072063be9e665121ef  regressiontests-2018.tar.gz
3. tar zxf regressiontests-2018.tar.gz && cd regressiontests-2018.single
4. source /opt/gmx2018-cuda80/bin/GMXRC
5. alias gmx='gmx -quiet -nobackup' && gmx --version
6. ./gmxtest.pl all >& gmxtest.single.log
7. cat gmxtest.single.log | grep PASS | grep -v ^PASSED
8. cat gmxtest.single.log | grep -i fail -c
9. alias gmx_d='gmx_d -quiet -nobackup' && gmx_d --version
10. ./gmxtest.pl -double all >& gmxtest.double.log
11. cat gmxtest.double.log | grep PASS | grep -v ^PASSED
12. cat gmxtest.double.log | grep -i fail -c

_EOF_