GROMACS移除trajectory的PBC

使用GROMACS跑分子模擬後，可能因為設定PBC (Periodic Boundary Conditions)，結構某些部分跑到格子外面。在輸出結構的時候，移除PBC的方法如下：

1. printf "1\n1\n" | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc \
   -pbc mol -ur compact -o md_noPBC.xtc
2. printf "1\n1\n" | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc \
   -pbc nojump -center -o md_noPBC.xtc
3. printf "22\n22\n" | gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc \
   -n index.ndx -pbc cluster -fit translation -o md_noPBC.xtc

前面兩個適用在沒有ligand的狀況時，只輸出protein本身結構。第3個指令則是在有ligand的時候，需要同時輸出protein + ligand結構，這時候必須要先用make_ndx的指令（參考GROMACS選取某些原子成為一群），先把兩者放在一個group中，然後再輸出。

注意，在計算RMSD的時候，必須要先把結構的PBC移除，不然會得到錯誤的答案。詳細作法參考《GROMACS用RMSD估計構型變化》

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