GROMACS計算特定一點到多點的距離

跑完分子模擬，想要看一群對很多群的最小距離，可以用pairdist這個指令。指令使用看這篇《GROMACS計算所有C-alpha的距離》。這指令麻煩的地方在於需要進入指令一行一行輸入要計算不同群，下面的指令則是直接執行版：

• gmx pairdist -s md.tpr -f md.xtc -type min -ref "group Met1" -sel "group Ile50; group Leu28; group Asp122; group Glu17" -o pairdist.xvg

上面這個指令可以計算Met1到Ile50、Leu28、Asp122、Glu17這四個殘基隨時間改變的最小距離，存在pairdist.xvg這個檔案裡面。

• Group的選擇請參考《gmx make_ndx》的說明
• -ref與-sel的語法則是參考《Selection syntax and usage》

算出來的這些距離可以用下面的指令將pairdist.xvg作圖：

• xmgrace -nxy pairdist.xvg
• gracebat -nxy pairdist.xvg -hardcopy -printfile pairdist.png

_EOF_