《悲情城市》電影主題曲

悲情城市 - 1989 (音樂), 7m24s

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Raspberry Pi 3鎖定螢幕按鈕

安裝好樹莓派以後，在離開座位時候想要鎖定螢幕。首先安裝xtrlock：

• sudo apt-get update
• sudo apt-get install xtrlock

鎖定螢幕有兩種方式，第1種僅僅鎖定螢幕，第2種則是用黑色背景：

1. xtrlock
2. xtrlock -b

輸入完螢幕上會出現一個藍色的鎖，這時候只要輸入密碼即可解鎖

PyMOL自動幫所有的state上色

在PyMOL裡面遇到multi-state的物件，可以用spectrum_states這個指令自動上色：

PyMOL分開與合併不同的states

遇到一些用NMR解出來的蛋白質分子，PDB檔案會有很多個models，在PyMOL裡面叫作不同的states。要分開這些states成獨立的結構，或是把獨立的結構合併成一個：

1. split_states 1nmr
2. for x in cmd.get_names(): cmd.cealign("1nmr_0001///30-70/", x+"///30-70/")
3. join_states 1nmr2, 1nmr_*

Raspberry Pi 3上安裝HIME中文輸入

安裝完樹莓派後，雖然使用上可以看中文，但系統預設並沒有中文輸入。參考《Raspberry Pi 筆記(三十八)：系統語系與中文輸入法》一文，先加入中文字型：

• 文泉驛字型：sudo apt-get install fonts-wqy-microhei fonts-wqy-zenhei xfonts-wqy
• 文鼎字型：sudo apt-get install fonts-arphic-uming 
• 教育部標準楷書：sudo apt-get install fonts-moe-standard-kai
• cwTex圓體：sudo apt-get install fonts-cwtex-yen

然後安裝中文輸入法hime（The Hime Input Method Editor, HIME姫），很像新注音：

• sudo apt-get install hime
• sudo apt-get install hime-chewing

GROMACS將.gro檔案轉成.pdb格式

GROMACS預設的座標存成GRO格式，但一般都會用PDB格式來看。轉換指令為：

• gmx editconf -f xxx.gro -o xxx.pdb

AMBER 16用GPU加速分子模擬

AMBER是一套分子模擬的系統，購買的金額隨著身份不同：

• 學術/非營利/政府單位：$500美金
• 營利事業：$20,000美金買，若是從AMBER 14升上來則是$15,000美金

網頁《AMBER 16 GPU ACCELERATION SUPPORT》專門介紹用GPU加速的成果

CentOS 7系統更新後無法開機

CentOS 7系統會自動更新，更新之後重新開機就卡住。有看到GRUB畫面，選擇更新的核心版本之後，螢幕上面只剩下一個底線不斷閃爍

如果系統有另外裝Nvidia驅動程式，可能就是驅動程式沒有更新完全，結果新的核心沒有任何可以顯示圖形界面的驅動程式。解法依序執行：

1. 讓卡住的系統進入文字模式，參考《CentOS 7開機卡住 沒圖形也沒文字界面》
2. 更新Nvidia驅動程式，參考《CentOS 7更新Nvidia驅動程式 》

以上參考《[SOLVED] after update, CentOS 7 won't boot》的討論

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CentOS 7開機卡住 沒圖形也沒文字界面

CentOS 7開機過了GRUB2以後就卡住了，沒有圖形界面也沒有指令界面。解法如下：

1. 開機到GRUB選單後使用鍵盤上下鍵移動到要開機的核心
2. 按 e 進入所選的核心，開始編輯GRUB參數
3. 用鍵盤上下鍵移動到開頭是linux16或是linux的那一行
4. 將下面的參數加到上面這行的最後面。請二選一下列的模式：
• 若要進緊急模式（emergency mode）加入
  systemd.unit=emergency.target
• 若要進入多人模式（multi-user mode）加入：
  systemd.unit=multi-user.target
5. 按 Ctrl-x 使用上面的參數

這樣通常就可以進入文字模式，之後再用終端機下指令來看問題出在哪邊

看CentOS或RedHat的版本

檢查CentOS的版本有下面幾種方法：

1. lsb_release -d
2. rpm --query centos-release
3. hostnamectl
4. cat /etc/centos-release
5. cat /etc/redhat-release 
6. cat /etc/system-release
7. cat /etc/os-release

IMHO, 黑貘來說

副標題《Gene-Oral-Speaking 不是一般來說, 而是黑貘來說 就只是我潛越的想法罷了》。分析社群網站與SEO（Search Engine Optimization，搜尋引擎最佳化）相關的部落格，以下是幾篇相關的文章：

• SEO 顧問前半年所須要做的事 Roadmap 
• SEO 在 2017 的十項新趨勢與重點整理 
• 利用 Search Console w/ API 打造 Dashboard 儀表板
• 為甚麼要叫 "黑貘來說"

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讓PyMOL完成先前指令 才繼續後續指令

在PyMOL script，會依序執行下面的指令：

• command 1
• command 2
• command 3

一般來說，這樣跑是不會出問題的。但command 2需要一段時間，那上述的script在跑完command 2之後會直接接續著跑command 3。若command 3需要command 2的結果，那樣就會造成這個script執行出現問題。解法是 Sync，上述的指令寫成如下：

備份Blogspot文章 2018年初版本

按照下面方式，將Blogspot上面的文章備份：

1. 左邊的操作介面找到“設定"
2. 依序點選 設定 > 其他 > 匯入和備份
3. 點選 備份內容

這樣就會把所有文章都存成一個一個XML格式的檔案惹～

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If Not True Then False

If Not True Then False，簡寫成 iF !1 0，是一個專門介紹CentOS, Fedora與RedHat Linux上面各種技巧的網站。此站台著重在Linux與open source programs and programming相關議題上，文章的作者其暱稱為JR，找不到相關的自我介紹

DRBL client使用支援GPU加速卡的核心

當DRBL server安裝好了GPU加速卡的modules後，client端也要設定成相同的核心編號，這樣client開機以後才能夠使用GPU來加速。DRBL預設幫client做的核心會是系統最新的那個核心，但如果modules安裝的核心不是最新的，那麼client開機後就會因為 /lib/modules/KERNELNAME/ 下面沒有GPU的kernel module導致無法使用GPU，解法如下

假設server上面安裝了GPU modules的核心編號是4.10.0-42-generic，使用下面指令來指定DRBL client使用還有GPU加速卡的模組的核心：

• /usr/sbin/mknic-nbi -a -k 4.10.0-42-generic.nptl 

卸載所有的NFS檔案系統

有時候因為網路的問題，或是提供NFS的伺服器掛掉，掛載的NFS會卡住，連帶的造成像是ls, df等等指令也會跟著卡住不動。解法有二：一種是重新掛載，但若是解決不了問題，則用下面指令直接卸載NFS檔案系統：

• sudo umount -a -t nfs

若上述指令一直出現device busy訊息而遲遲無法卸載，通常是終端機還在NFS資料夾中，或是用lsof, fuser等指令看究竟是哪些程式還在使用這些NFS資料夾。懶惰的作法則是直接下：

• sudo umount -f -a -t nfs
• sudo umount -lf -a -t nfs

上面兩個指令可能會造成正在開啟的檔案損毀，請小心使用

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安裝GROMACS-2018在Ubuntu 16.04

GROMACS 2018於2018年1月10日釋出，新增的功能參考《GROMACS 2018》。由於安裝的版本有用GPU加速，參考了下面幾篇文章：

• Ubuntu 16.04裝GROMACS-2016.3
• Ubuntu 16.04上安裝CUDA 9.1 Toolkit
• Ubuntu 16.04固定開機GRUB選單

以下詳細說明安裝的過程

設定youtube起始時間

在youtube上面放音樂，可以直接從某個時間點開始（紅色部分）：

• https://www.youtube.com/watch?v=jNQXAC9IVRw#t=10s

上面從10秒的時候開始，也可以改成1h5m10s這種時間格式
若是嵌入的程式碼，也可以如下調整時間：

• <iframe width="1362" height="566" src="https://www.youtube.com/embed/jNQXAC9IVRw?start=10" frameborder="0" allow="autoplay; encrypted-media" allowfullscreen></iframe>

以上影片是Ｕ管上第一個影片。設定播放時間則是參考《如何設定 Youtube 影片起始播放時間，直接從指定時間開始播放精采片段》

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EDAC sbridge: Failed to register device with error -19

Ubuntu 16.04在自動更新成kernel 4.13.0-32-generic之後，開機就會出現上述的錯誤訊息。使用dmesg指令可以發現很多行下面這個訊息：

• EDAC sbridge: Seeking for: PCI ID xxxx:xxxx

之後會出現下面這種錯誤訊息：

• EDAC MC0: Giving out device to module sb_edac.c controller Broadwell SrcID#1_Ha#0: DEV 0000:ff:12.0 (INTERRUPT)
• EDAC MC1: Giving out device to module sb_edac.c controller Broadwell SrcID#0_Ha#0: DEV 0000:7f:12.0 (INTERRUPT)
• EDAC sbridge: Some needed devices are missing
• EDAC MC: Removed device 0 for sb_edac.c Broadwell SrcID#1_Ha#0:  DEV 0000:ff:12.0
• EDAC MC: Removed device 1 for sb_edac.c Broadwell SrcID#1_Ha#0:  DEV 0000:7f:12.0
• EDAC sbridge: Couldn't find mci handler
• EDAC sbridge: Couldn't find mci handler
• EDAC sbridge: Failed to register device with error -19.

Ubuntu 16.04上安裝CUDA 9.1 Toolkit

Ubuntu 16.04會自動更新，之前安裝的Nvidia驅動與CUDA工具包不能使用：

• Ubuntu 16.04上安裝CUDA-8.0：工具包的版本是8.0
• Ubuntu 16.04只用內顯而不用獨顯：驅動的版本是375

Ubuntu 16.04更新完的驅動是384，在安裝CUDA Toolkit 9.1的時候，安裝程式會自動把Nvidia驅動更新成387版本。安裝過程如下

Ubuntu 16.04固定開機GRUB選單

Ubuntu 16.04會自動更新kernel，一段時間重開機可能就會選到新的kernel，有時候與一些就的驅動程式會不相容。要固定開機GRUB選單，首先要去看想要選用哪個kernel：

• cat /boot/grub/grub.cfg | grep menuentry | grep 4.10.0

上面是已經知道剛開始安裝的kernel是4.10.0，請自行找到所需的那個kernel。找到menuentry後，把後面單引號匡起來編號存下來，寫到 /etc/default/grub，如下面所示：

• GRUB_DEFAULT='Advanced options for Ubuntu>Ubuntu, with Linux 4.10.0-42-generic'

GROMACS 2018

GROMACS 2018在2018年1月10日釋出，用來取代GROMACS 2016。Release Notes裡面提到在效能上重要的更新有：

• PME long-ranged interactions can now run on a single GPU, which means many fewer CPU cores are needed for good performance.
• Optimized SIMD support for recent CPU architectures: AMD Zen, Intel Skylake-X and Skylake Xeon-SP.

SMC 8024L2初始設定

預設新機器是固定IP，固定密碼。網路線先接在port 1上，將本機的網路設定成192.168.2.x裡面的IP，用瀏覽器連線 http://192.168.2.10 即可直接設定。SMC8024L2預設值如下：

• IP：192.168.2.10
• 密碼：smcadmin

過磁碟陣列卡看硬碟SMART資訊

磁碟陣列卡可能是LSI SAS 9201-16i，MegaCli的版本是v8.07.10。使用下面的指令來看有什麼硬碟與其編號：

• megacli64 -pdlist -aall
• megacli64 -pdlist -aall | grep -e 'Enclosure Device ID' -e 'Slot Number' -e 'Device Id' -e 'Inquiry Data'
• megacli64 -pdlist -aall | grep 'Device Id'

上面最後一個指令可以看到Device Id，這樣才能夠用後面的smartctl來看硬碟的smart資訊

GROMACS用RMSD估計構型變化

跑完蛋白質分子模擬後，將分子的軌跡畫出來以外，最常做的就是估計其構型的變化。通常會計算backbone的root-mean-square deviation (RMSD)，在GROMACS是這樣做：

1. gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc \
   -pbc mol -ur compact \
   -o md_noPBC.xtc
2. gmx rms -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -tu ns -o rmsd.xvg 

上面指令的意思是：

1. trjconv指令會移除periodic boundary conditions (PBC)的影響，不然後面計算出來的RMSD會是錯誤的。
2. rms指令則是計算RMSD，會有兩個步驟，先選fitting group（通常就是backbone atoms）、再選計算RMSD的group（通常也是backbone atoms）

機車排氣定期檢驗

環保署的 機車排氣定期檢驗資訊管理系統，右邊的民眾區分成：

• 檢測資料查詢：輸入車牌即可查詢檢驗狀態
• 二行程檢測資料查詢專區：給二行程車輛查詢用
• 定檢站查詢：所在縣市有哪些地方可以檢驗

Mac鎖定螢幕快速鍵

先到系統偏好設定 Preference > Security &Privacy，勾選

• Require password immediately after sleep or screen saver begins

設定完成後，鎖定螢幕快速鍵為：

• Ctrl-Shift-Eject

三個按鍵同時按就會鎖定螢幕，再次登入馬上就需要密碼

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雲端服務IaaS, PaaS, SaaS

比起自己架設主機提供服務，現在可以將服務放在外面別人提供的機器(雲端)上面。 雲端服務根據SPI模型分成SaaS, PaaS, IaaS三種，分別是下面的簡稱：

• SaaS：Software as a Service，軟體即服務
          提供的服務是SPI模型的S, Software（軟體）
• PaaS：Platform as a Service，平臺服務
          提供的服務是SPI模型的P, Platform（平臺）
• IaaS：Infrastructure as a Service，基礎設施服務
          提供的服務是SPI模型的I, Infrastructure（基礎設施）

用文字說明比較難以理解，可以直接搜尋"iaas paas saas"的圖片