PyMOL直接抓PDB檔案

    PyMOL可以直接用指令fetch抓取蛋白質資料庫PDB裡面的結構。例如說下載PDB identity是1egf，使用下面的指令
PyMOL> fetch 1egf
PyMOL> fetch 1egf, async=0
第二行的指令動作同第一行，只是在PyMOL script裡面會等到檔案下載完成後才會繼續執行後續的指令

    新版（version ≥ 1.8）的PyMOL抓取的檔案會是mmCIF格式，若要下載個格式為pdb則用
PyMOL> fetch 1egf, type=pdb

    若希望下載的結構是biological assembly，那要修改type的選項，比較下面兩個結果：
PyMOL> fetch 5e6e
PyMOL> fetch 5e6e, type=pdb1
再使用split_states把不同的states的結構變成不同的物件，功能等同於下面指令
PyMOL> fetch 5e6e, type=pdb1, multiplex=1

    下面這是杯狀病毒的蛋白質外殼，下載完檔案會有59MB這麼大
PyMOL> fetch 2gh8, type=pdb1, multiplex=1
PyMOL> cmd.show("mesh","all")

常見的諾羅病毒(Norovirus)就是杯狀病毒科(Caliciviridae)的其中一種

Calicivirus, PDB code: 2gh8

_EOF_