PyMOL 版本 1.8.x

看完PyMOL v1.8.x的介紹以後以後，覺得有趣的功能有

• 計算殘基的暴露程度
• 直接下載biological unit

升級OS X後，重新安裝Macports

Macports是一個開源軟體的管理系統，運行在蘋果電腦上面。不過因為他不是蘋果公司出產的產品，所以每次作業系統大更新的時候，就變成要重新安裝，上面的軟體也要重新安裝。這次是將Yosemite (10.10)升級成El Capitan (10.11)，Josh Smith介紹這次升級好玩的點。

重新安裝的步驟參考Migrating a MacProts installation，在此簡單分成下面四個步驟：

1. 備份舊版的OS X系統，與舊版的Macports
2. 升級新OS X系統，並安裝相關應用程式
3. 重新安裝Macports的基礎系統
4. 重新安裝Macports管理的開源軟體

Selective sweep

國語：一人得道、雞犬升天 (參考教育部重編國語辭典修訂本)
台語：豬母肥、豬仔囝有肉 (參考台北市多媒體教學諮詢中心)
英文：Success is a relative term. It brings so many relatives. (參考愛給特)
約莫可以說明這種狀況～

在天擇之下，某個有利的突變會增加在擁有這個突變個體的適應性，因此會增加族群裡面的出現的頻率。這些突變附近的基因受益於這個有利的突變所以搭了順風車，也增加了在族群裡面出現的頻率。

Safari下載壓縮檔的時不要自動解壓縮

蘋果電腦的瀏覽器在下載tar.gz或是zip之類壓縮的檔案時，會自動把檔案解壓縮，但有時候還是會有那種希望下載下來不要解壓縮的狀況。例如說：下載某些軟體後要檢查訊息摘要(checksum)時，就不能夠預先解壓縮。

參考Ask Different上的文章«How to stop Safari from unzipping files after download»，有下面兩種解法：

破壞prions的方法

Prions朊毒體是一種蛋白質。比起一般蛋白質更能夠抗消毒劑、高溫、紫外線還有福馬林，但也不是完全無法消滅。下面參考BSEinfo的文章，列出幾種可以消滅或是失活prions的方法。簡單說就是用高溫、化學物質、壓力與時間的組合來達成。

SSH遠端登入不用密碼

一般來說，使用ssh登入遠端系統的時候都要輸入密碼，對於一直要登入某台機器，就必須不斷地輸入密碼，如果密碼又很長會很累。下面介紹如何認證一次後，未來登入都透過金鑰直接登入而不用再輸入密碼

檢查硬碟分割區與對應的容量

之前的文章有提到硬碟的狀態，這篇則是要介紹如何看硬碟有哪些分割區(partition)，還有相對應的容量。以下的指令都來自Silver Moon發表的文章«9 commands to check hard disk partitions and disk space on Linux»。一樣會先列出指令，後面再詳細介紹

1. fdisk -l 
2. sfdisk -l -uM 
3. cfdisk
4. parted -l
5. lsblk
6. hwinfo --block --short
7. blkid
8. df -h
9. pydf -h

指令1, 2, 3, 4是用來看與編輯分割區(partition)， 指令5, 6只有用來看，指令8, 9則是看容量大小。如果遇到GPT分割的硬碟，那編輯分割居只剩下parted可以用
我會建議先用lsblk看分割，再用blkid看分割區編號，最後用pydf看容量大小

檢查硬碟的狀態

硬碟在系統裡面是消耗品，使用一段時間以後會慢慢老化，甚至損壞

一般來說，除非是壞到不行，不然很難察覺到硬碟出問題。下面的指令用來檢查硬碟狀態，還有硬碟相關資訊，列表會用到的指令：

• smartctl -H /dev/sda
• smartctl -a /dev/sda
• hdparm -I /dev/sda
• hdparm -Tt /dev/sda

如果說系統上有很多個硬碟，或是不知道系統上面裝幾個硬碟，可以用下面指令：

• for i in sd{a..c}; do dev=/dev/$i; echo $dev; smartctl -H $dev | grep -e 'Health Status' -e 'overall-health'; done
• for i in `lsblk -io NAME,TYPE | grep disk | cut -d' ' -f1 | sort`; do dev=/dev/$i; echo $dev; smartctl -H $dev | grep overall-health; done

第一行的意思是有sda, sdb, sdc三個硬碟要測試健康程度，需安裝smartmontools這套件

第二行則是自行用blkid這個指令(需要另外安裝)去抓取系統上的硬碟

Mac上skype沒有回應的處理方式

錯誤狀況

執行Skype之後，可以輸入帳號與密碼，但是之後就沒有任何視窗出現，Skype也變成沒有回應，只能夠強制關閉。這種錯誤狀況也曾經遇過，都是在重新開機後發生，但也不是重新開機就會發生，目前原因不明。

處置作為

參考skype community上面smartgirl13w的解法，移除下列幾個資料夾

• ~/Library/Application Support/Skype
• ~/Library/Caches/com.skype.skype
• ~/Library/Preferences/com.skype.skype.plist
• ~/Library/Saved Application State/com.skype.skype.savedState

不用重新安裝，只要重新啟動Skype就可以用了
之前的解法只移除~/Library/Caches/com.skype.skype，這次解法移除比較多東西，希望可以解決Skype的問題

使用環境

• OS X Yosemite (10.10.5)
• Skype 7.19 (407)

_EOF_

修改Mac上軟體Notes預設字型的顯示大小

Mac上面Notes這軟體可以與iOS上面的備忘錄同步，只是Notes軟體顯示出來的字型實在是太小了，而且沒有辦法用一般的偏好設定來設定。

設定方法參考Rob LeFebvre的標題是《Change The Default Font Size in Notes App on Your Mac [OS X Tips]》這篇文章，簡化成為下面幾個步驟：

1. 關閉Notes，開啟終端機(Terminal)
2. 前往/Applications/Notes.app/Contents/Resources這個資料夾
3. 修改en.lproj資料夾下面DefaultFonts.plist
4. 修改zh_TW.lproj資料夾下面DefaultFonts.plist
5. 重新開啟Notes

自動滑手機

過年的時候從T客邦的文章看到介紹機械自動滑手機的裝置。這裝置是由日本人Junya Sakamoto開發，對付《龍族拼圖》這款遊戲，實際操作方式如下影片：

把iTunes備份資料放到外接硬碟

當iDevices (iPhone, iPad, ...) 連接到電腦時，iTunes能幫這些設備上的資料做備份。但這些備份會放在系統的硬碟上，而通常Mac筆電的系統空間不會很大，放這些備份資料就變成非常地佔空間。iTunes沒有辦法直接讓備份空間放在外接硬碟上，本篇說明如何備份到外接硬碟上。

減少Mac上面系統硬碟空間的使用量

Macintosh很多事情很自動，但是過於自動常常會導致系統要多存許多東西。下面兩種狀況就會造成磁碟空間很滿：

• 本機快照：TimeMachine沒有接上外接硬碟的時候，系統預設會把更改的資料存在系統硬碟上面
• 休眠暫存：系統休眠的時候，會把記憶體上面的東西存放在硬碟上面

知道硬體資訊的必要性

確定硬體資訊很重要是因為，知道是哪種硬體型號才能夠讓特別的硬體跑起來，或是安裝更適當的驅動。舉例說：

• 修正MacBookPro無線網路不會動的問題
• 更新MacBookPro顯示卡驅動

知道硬體資訊，才能安裝適當的驅動程式，硬體才能夠發揮完全的能力。查看硬體資訊有下列方式：

• 拆開機器挖出硬體，看上面的型號與晶片的編號
• 使用lshw與lspci來查看硬體資訊
• 使用dmesg與dmidecode來查看硬體資訊

之後會再介紹了解硬體資訊後，要怎樣編譯與安裝驅動程式

Linux用lshw和ls*看硬體資訊

除了上一篇提到用dmesg與dmidecode看硬體資訊，後來又出現了ls系列的指令

• lshw：列出硬體資訊
• lshw-gtk：視窗介面列出硬體資訊
• lsusb：列出所有USB設備
• lscpu：列出處理器相關資訊
• lspci：列出所有PCI設備

使用時直接用輸入指令就可以了，比起dmesg與dmidecode要容易使用，不過dmesg上面可以看到錯誤訊息，而ls系列的沒有辦法看到。這邊我們還是用2009年中13吋的MacBookPro，上面運行了Ubuntu 14.04來做測試

Linux用dmesg或dmidecode看硬體資訊

在維修機器前會需要知道系統的硬體資訊，以下介紹兩個能夠看硬體資訊的指令：dmesg 與 dmidecode，使用方式如下：

• $ dmesg | less
• # dmidecode --type keywords

dmesg不需要superuser，但要慢慢找; dmidecode則是需要keyword來知道要看的硬體是什麼。指令就這麼簡單，剩下的就是有耐心去讀輸出的訊息~

在Mac上製作USB開機的Clonezilla Live

Clonezilla再生龍是用來備份與還原系統的自由軟體，由國網中心開發
Clonezilla可以裝在光碟、硬碟、PXE或是USB隨身碟上，最常使用的會是光碟與USB隨身碟。製作USB開機的Clonezilla Live，可以在Windows或是Linux上面做，但這邊並沒有提到如何在macintosh上面實作

以下是參考David T.的文章«Make a Clonezilla Live USB Stick for Mac»與Ubuntu上面的文章«How to create a bootable USB stick on OS X»後，再依照自己的方式做的步驟去做。

 Mac上輸入特殊符號與字母 

蘋果電腦使用組合鍵輸出特別的符號。
組合鍵輸入方式：

• Option-a，代表同時按住Option按鍵與a按鍵
• Option-e + a，代表同時按住Option案件與e按鍵，放開後再按a按鍵

例如說輸入Option+Shift+k，代表同時按住Option和Shift和k，會輸出

網路喚醒 Wake-on-Lan

網路喚醒 Wake-on-Lan (WoL)，可以讓遠端的電腦透過網路啟動。

實際使用則是選一台同一個網域內開機的機器，用WoL丟出魔法封包(magic packets)，關機的網卡收到這個封包以後，就會讓系統啟動。

應用在DRBL裡面則是DRBL server丟出魔法封包，引導DRBL clientsd開機

• DRBL server：必須要安裝wakeonlan這個套件
• DRBL clients：BIOS必須要設定可以從Wake on LAN開機