2016年2月29日 星期一

PyMOL 版本 1.8.x

看完PyMOL v1.8.x的介紹以後以後,覺得有趣的功能有

  • 計算殘基的暴露程度
  • 直接下載biological unit


以下的資訊翻譯自«PyMOL v1.8.0.0 Notes»,有些不知道要怎樣翻的,或是覺得無趣的就保留原文。

新的功能


  • (mm)CIF:這是一種新的PDB format,可以處理很大的巨分子
    • add support for discrete=1 loading of CIF files
    • 改善multi-model分子下載
    • 支援下載多個物件
    • 支援_symmetry_equiv.pos_as_xyz, _space_group_symop.operation_xyz
    • set cartoon_trace_atoms and ribbon_trace_atoms for CA-only models
    • 直接下載biological unit,但這要把assembly設定打開
    • Ignore “auth” identifiers with cif_use_auth=off (default: on)
    • 修改讀取mmCIF完整序列的方式
    • Improve connect_mode=4 support and performance: Bonding for most common residue types provided in $PYMOL_DATA/chem_comp_bond-top100.cif. Other types are downloaded on the fly from PDBeChem.
    • read metalc and disulf bonds
  • 新的檔案格式
    • PDBQT
    • Basic support for PDBML (.xml and .xml.gz extensions)
    • Basic support for CML
  • fetch:抓取檔案的時候用type=cc,可以從PDBeChem (3-letter codes)下載
  • Render:用虛線畫zero-order bonds
  • 計算殘基的暴露程度(relatiev solvent accessible surface area per residue),計算方式是用指令 get_sasa_relative,或是從選單上 A > compute > surface area > per residue

Refactoring

這段都是在說改善了程式效能

PyMOL API

  • cmd.set_keys() 
  • cmd.get_object_ttt()

設定

  • 改變預設 ignore_case=off
  • 新設定 assembly 
  • 新設定cif_use_auth
  • 新設定 cif_keepinmemory 實驗性質
  • 新設定 pse_binary_dump 實驗性質,讓PSE輸出可以更快且更有效率地用記憶體
  • 改變預設 scene_buttons=on 未來存Scene會直接有按鈕出現
  • 改變預設 alignment_as_cylinders=off 

其他Misc

  • Symmetry/Cell loading: accept alpha=beta=gamma=0.0, assume orthogonal cell (alpha=beta=gamma=90.0)
  • Set protons for unknown atoms to -1 instead of 0 (0 is interpreted as lonepair)
  • Properties:
    • alter: derive property type from python type
    • alter: list(p) → list of property names
  • Real-time ray_transparency_oblique with shaders
  • Keep IDs when creating new object from selection (restore pre-1.4 behavior)
  • Updated bundled Schrödinger library for atom typing and stereochemistry (text_type and stereo labeling)
  • Tcl/Tk Menus:
    • Radiobuttons for all setting switches
    • Feedback to console when changing a setting
    • Simple font size dialog (Setting > GUI Font Size)

Mobile PyMOL

Chromadepth: The Stereo 3D button is now a 3-state toggle button (Off / Anaglyph / Chromadepth)




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