GROMACS其top/下的共用檔案

安裝完GROMACS以後，設定各種force field的參數會放在安裝目錄下的share/gromacs/top/
共用的參數會放在檔案裡面，像是：

• atom_nom.tbl：hydrogen atom naming systems
  有XPLOR, MSI, GROMACS三種命名方式
• atommass.dat：原子質量
• defselection.dat：預設選group的資料放在這邊，與make_ndx有關
• dgsolv.dat：Atomic solvation parameters，也就是 free energy of solvation (kcal/mol) per unit of solvent exposed area (Å^2)
• eletroneg.dat：電負度
• elements.dat：元素與原子序
• flexwat-ferguson.itp：D. M. Ferguson: Parametrization and Evaluation of a Flexible Water Model
• nsfactor.dat：Neutron scattering factors for elements
• residue.dtd：GROMACS Data type description (DTD) 好像是GROMACS 3.1的舊東西
• residues.xml：每個residue有哪些atoms的XML檔案
• sfactor.dat：Scattering factors for elements
• spc216.gro：放了216個水分子，用來加水用的
  216H2O, WATJP01, SPC216, SPC-MODEL, 300K, BOX(M)=1.86206NM, WFVG, MAR. 1984
• surface.dat：氨基酸的表面積
• sw.itp：Water with Novel Shell Model Potentials
• tip4p.gro：216 TIP4P Water Molecules Equilibrated for 20 ps at 300 K
• tip5p.gro：512 TIP/5P, equilibrated in NPT simulation at 300 K with PME

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