GROMACS的檔案格式（file format）

在跑GROMACS的時候，會需要很多檔案。這些檔案的功用會用不同的副檔名來決定。以下介紹這些檔案的功能：

• 參數檔案（Parameter files）
• mdp：存放模擬所需的各種參數，grompp與convert-tpr會用到
• 結構檔案（Structure files）
• gro：GROMACS format，放原子座標
• pdb：Protein Data Bank format，放原子座標
• Topology files：放置原子與原子之間關聯的檔案，用ASCII方式存放
• top：system topology。用grompp指令後會變成binary topology file，以tpr結尾
  存放像是結構中原子代的電荷、共價鍵的force constent等。一個結構裡面不同部分分群也會在這個檔案中定義
• itp：include topology。有些常用的topology file就先定義好，像是
• ffbonded.itp
• ffnonbonded.itp
• ions.itp：定義離子的電荷數
• tip3p.itp：定義TIP3P水分子
• rtp：residue topology。生物分子裡面原子的連結方式，像是
• aminoacids.rtp：蛋白質裡面各種氨基酸其原子的連結
• dna.rtp
• rna.rtp
• Run input file：這邊只有一種tpr檔案，是個binary file
• tpr：system topology, parameters, coordinates and velocities
  這個檔案除了存放原子座標與質量以外，還有mdp檔案裡面的數據
• 軌跡檔案（Trajectory files）
• trr：存放座標、速度、力。full precision
• xtc：存放座標。compressed

更詳盡的資訊請參考《Summary of file formats》
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