GROMACS其top/下面的force fields

GROMACS不同force fields的參數會放在各自的資料夾下面。以下列出GROMACS-2018.1目前支援的force fields，並以amber99sb為例子介紹下面的每個檔案的意思：

• AMBER系
• amber03.ff：
• amber94.ff：
• amber96.ff：
• amber99.ff：
• amber99sb-ildn.ff：
• amber99sb.ff：
• aminoacids.arn：atom renaming specification，看起來是對於N端的H atom與C端的O atom做命名的改變
• aminoacids.c.tdb：空的
• aminoacids.hdb：氨基酸的hydrogen database。就是pdb2gmx加氫的參考基準
• aminoacids.n.tdb：空的
• aminoacids.r2b：名稱對應
• aminoacids.rtp：一般蛋白質的氨基酸與分子的topology都會放在這邊
• aminoacids.vsd：
• atomtype.arn：原子重新命名atom renaming specification
• dna.arn：DNA的atom renaming specification
• dna.hdb：DNA的pdb2gmx加氫的參考基準
• dna.r2b：DNA的名稱對應
• dna.rtp：一般DNA的醣、鹼基、磷酸根的topology放在這邊
• ffbonded.itp：共價鍵的force constants放在這邊
• ffnonbonded.itp：原子的質量與Lennard-Jones potential裡面的sigma與epsilon的值
• forcefield.doc：說明這個force field是從哪邊來的
  更多相關請到Eric J. Sorin的FFAMBER網頁
• forcefield.itp：其實就是把 ffnonbonded.itp, ffbonded.itp gbsa.itp連在一起
• gbsa.itp：在GBSA這種implicit water裡面的參數
• ions.itp：各種離子的電荷數
• rna.arn：RNA的atom renaming specification
• rna.hdb：RNA的pdb2gmx加氫的參考基準
• rna.r2b：RNA的名稱對應
• rna.rtp：一般RNA的醣、鹼基、磷酸根的topology放在這邊
• spce.itp：SPCE這種水的topology file
• spc.itp：SPC這種水的topology file
• tip3p.itp：TIP3P這種水的topology file
• tip4p.itp：TIP4P這種水的topology file
• tip4pew.itp：TIP3P-Ew這種水的topology file
• tip5p.itp：TIP5P這種水的topology file
• urea.itp：尿素的topology file。這東西會讓protein denature
• watermodels.dat：推薦使用的水分子模式
• amberGS.ff：
• CHARMM系
• charm27.ff：
• GROMOS系
• gromos43a1.ff：
• gromos43a2.ff：
• gromos45a3.ff：
• gromos53a5.ff：
• gromos53a6.ff：
• gromos54a7.ff：
• OPLS系
• oplsaa.ff：

參考資料

• GROMACS的檔案格式（file format）
• GROMACS其top/下的共用檔案
• 分子模擬選擇的水分子模型
• Water Models by Martin Chaplin

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