2017年1月7日 星期六

在Python中使用PyMOL的指令 part II

前一篇《在Python中使用PyMOL的指令》用的PyMOL與Python是MacPorts安裝的,但如果希望使用的是OS X系統本身的Python與從PyMOL買來的版本,用下面的方法來做:
  • 安裝預先編譯好的PyMOL
    這邊的例子是安裝到 /pkg/pymol-v1.8.0.5-Darwin-x86_64
  • 開啟系統的Python(/usr/bin/python)

然後在系統的Python內依序執行:
  1. import sys
  2. sys.path.append('/pkg/pymol-v1.8.0.5-Darwin-x86_64/modules')
  3. from pymol import *
  4. pymol.finish_launching(['pymol', '-cqk'])
上面的意思是:
  1. 載入sys套件
  2. 加入pymol套件的路徑到系統路徑
  3. 載入pymol套件
  4. 啟動pymol指令列,參數參考《Command Line Options》
    • -c:指令列模式,不啟動圖形化介面
    • -q:安靜地啟動
    • -k:不要去讀取 ~/.pymolrc 

_EOF_

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