處理PDB裡面的alternate location

PDB上面的結構，某些殘基在空間上面會有兩種可能所在的位置，這種情況叫做alternate location，紀錄方式則是在ATOM行裡面的第17個位置出現A, B, ...。例如說3a34這個lysozyme的結構第125個residue，PDB格式的紀錄是：
ATOM    978  N  AARG A 125     -27.100  10.115  13.597  0.70 14.83           N  
ATOM    979  N  BARG A 125     -27.088  10.117  13.613  0.30 14.68           N  
ATOM    980  CA AARG A 125     -27.589  10.764  14.811  0.70 15.46           C  
ATOM    981  CA BARG A 125     -27.618  10.820  14.785  0.30 15.06           C  
ATOM    982  C  AARG A 125     -26.471  10.888  15.838  0.70 15.45           C  
ATOM    983  C  BARG A 125     -26.603  10.877  15.926  0.30 15.27           C  
ATOM    984  O  AARG A 125     -25.761   9.921  16.120  0.70 15.55           O  
ATOM    985  O  BARG A 125     -26.111   9.846  16.388  0.30 15.38           O

上面粗體的部分就是alternate location (altLoc)，意思是說ARG這個residue可能會在A這個位置、也可能會在B這個位置。最簡單的解決方案是只留下A，用PyMOL處理只要兩行指令：

• remove not alt ''+A
• alter all, alt=''

第一行移除所有altLoc不是A也不是空白的原子
第二行將所有altLoc都變成空白

_EOF_