在Python中使用PyMOL的指令

PyMOL是個很方便的生物巨分子結構顯示軟體，很方便的就可以載入與使用各種生物巨分子結構。但如果希望能夠用依照某些規則來處理很多結構，那就必須要寫程式。這邊介紹如何在Mac下面使用Python載入PyMOL的指令來寫程式。安裝完MacPorts以後在終端機上輸入：

• sudo port install pymol
• /opt/local/bin/python2.7

進入python交談式環境（或是寫在python程式最前面）以後，輸入：

• from pymol import *
• pymol.finish_launching(['pymol', '-cqk'])

例如說要做《結構比對後計算RMSD》，現在輸入下面的程式碼就可以計算了

• reference="2lyz"
• query="135l"
• cmd.do("fetch %s" % (reference))
• cmd.do("fetch %s" % (query))
• cmd.cealign(reference, query)
• cmd.rms_cur(reference+" and n. ca", query+" and n. ca", matchmaker=-1)

_EOF_