阿就操場啊~
2017年1月4日 星期三
計算PDB結構裡面原子的數目
要計算一個PDB結構裡面有多少個原子,在PyMOL只要用
count_atom
這個指令:
fetch 1lyz
count_atoms 1lyz
count atoms 1lyz and not HETATM
count atoms 1lyz and n. ca
這邊用第一個lysozyme結構
1lyz
為例子,指令的意思分別是:
下載1lyz這個結構
計算此蛋白質中有幾個原子
計算此蛋白質中是protein, RNA或RNA的原子數目,參考
《Hetero atoms》
計算此蛋白質中C-alpha原子的個數,也就是此蛋白質的長度
_EOF_
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