2017年1月4日 星期三

計算PDB結構裡面原子的數目

要計算一個PDB結構裡面有多少個原子,在PyMOL只要用count_atom這個指令:
  • fetch 1lyz
  • count_atoms 1lyz
  • count atoms 1lyz and not HETATM
  • count atoms 1lyz and n. ca
這邊用第一個lysozyme結構1lyz為例子,指令的意思分別是:
  • 下載1lyz這個結構
  • 計算此蛋白質中有幾個原子
  • 計算此蛋白質中是protein, RNA或RNA的原子數目,參考《Hetero atoms》
  • 計算此蛋白質中C-alpha原子的個數,也就是此蛋白質的長度

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