在PyMOL中更改序列的編號

用PyMOL開啟分子後，序列的編號會根據PDB檔案內儲存的號碼。有時候Ｎ端第一個位置的編號是負數、像是-5 等狀況。以下以crambin為例子，把序列的一個位置的編號改成7：

1. run renumber.py
2. fetch 1crn
3. renumber 1crn, 7

以上的renumber.py由Thomas Holder提供。

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血清白蛋白（Serum Albumin）

人類血清中的蛋白質，含量最多的就是白蛋白（Albumin），約莫在 3.5 - 5.5 gm/dL (公克/100mL)、50 - 60% 的血清蛋白都是Albumin。立體結構如下：

Superimposition of five albumins, including 4L8U, 2XVV, 1HK3, 1HK5, and 1E7I

Albumin擁有許多功能，像是平衡血液的滲透壓、幫助攜帶不易溶於水的分子例如說脂肪酸、止痛藥ibuprofin等。相關的結構與功能可參考PDB 101上面的文章《Serum Albumin》、更多的詳細的說明可參考Albumin.org，中文的看林怡萱寫的《血清白蛋白》

在PyMOL中將分子移動到原點

用PyMOL開啟分子後，分子不一定會放在原點上。以下以crambin為例子，把一個結構放到原點上：

1. fetch 1crn
2. run mv2origin.py; mv2origin 1crn
3. run axes.py; axes

第1步：抓crambin的分子
第2步：把分子放到原點
第3步：畫出XYZ的座標軸，驗證分子真的被放到原點上

MarkDown插入圖片的兩種方法

MarkDown是種輕量級標記式語言，易讀易寫，可簡單的轉成HTML或是PDF文件。在上面插入圖片只要輸入：


如果希望調整插入圖片在版面上的大小，則可以用HTML的方式輸入：

GROMACS畫二級結構隨時間的變化

GROMACS可以分析一個trajectory，根據每個時間點的結構用DSSP畫出二級結構隨時間變化的圖，指令如下：

• export DSSP=/yourlocation/bin/dsspcmbi：指定系統中DSSP程式
• echo 1 | gmx do_dssp -ver 1 -s md.tpr -f md_noPBC.xtc -tu ns -dt 1 -o dssp.xpm
• gmx xpm2ps -f dssp.xpm -o dssp.eps：把xpm（X PixMap compatible matrix file）轉成eps
• pstopdf dssp.eps：把eps（postscript format）轉成PDF格式，pstopdf是Mac的指令

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