GROMACS-2018.1配ORCA或Gaussian

要讓GROMACS-2018.1搭配ORCA與Gaussian來做QM/MM。關於環境變數、原始碼下載等等細節請參考：

• 安裝GROMACS-2018.1在Debian 7.7

一樣是用自己編譯的GCC 6.4.0，另外安裝的CMAKE 3.10.2
不一樣的地方是編譯時候的參數設定，編譯方式如下

ORCA的編譯參數：

• /pkg1/chem/GROMACS/cmake-3.10.2-Linux-x86_64/bin/cmake .. \
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/pkg1/chem/GROMACS/2018.1-double-gcc640-ORCA \
  -DCMAKE_C_COMPILER=/pkg1/local/gcc-6.4.0/bin/gcc \
  -DCMAKE_CXX_COMPILER=/pkg1/local/gcc-6.4.0/bin/g++ \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
  -DGMX_GPU=OFF \
  -DGMX_SIMD=SSE4.1 \
  -DGMX_DOUBLE=ON \
  -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF \
  -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF \
  -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON \
  -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF \
  -DCMAKE_SKIP_RPATH=ON \
  -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \
  -DGMX_QMMM_PROGRAM=ORCA

綠色參數代表做出來的程式為雙精確度，通常QM/MM會需要
藍色參數代表做出來的程式為fully static executable，通常在PC cluster裡面會需要
紅色參數代表QM/MM裡面的QM部分使用的是ORCA

QM/MM的部分想要用Gaussian做，編譯參數如下：

• /pkg1/chem/GROMACS/cmake-3.10.2-Linux-x86_64/bin/cmake .. \
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/pkg1/chem/GROMACS/2018.1-double-gcc640-Gaussian \
  -DCMAKE_C_COMPILER=/pkg1/local/gcc-6.4.0/bin/gcc \
  -DCMAKE_CXX_COMPILER=/pkg1/local/gcc-6.4.0/bin/g++ \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \
  -DGMX_GPU=OFF \
  -DGMX_SIMD=SSE4.1 \
  -DGMX_DOUBLE=ON \
  -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF \
  -DBUILD_SHARED_LIBS=OFF \
  -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON \
  -DGMX_BUILD_SHARED_EXE=OFF \
  -DCMAKE_SKIP_RPATH=ON \
  -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \
  -DGMX_QMMM_PROGRAM=Gaussian

參考資料：

• Compiling QMMM：但這邊是給GROMACS 3.3版的編譯說明文件
• Virtual Structural Biology Group » Учебные курсы
• GROMACS QM/MM教程1：QM/MM方法的实现
• GROMACS QM/MM教程2：编译设置及简单运行
• ASE for QM/MM Simulations：另外一套用Python寫的MD套件跑QM/MM

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